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南京空间转录组测序平台

来源: 发布时间:2022年06月04日

基于10X Next GEM技术,单细胞免疫组库测序一次实验可以同时检测近万个细胞,可在一个样本中同时获5'端mRNA表达谱、TCR和BCR的信息,结合基因的表达谱和V(D)J数据进行复杂组织样本的是影响免疫应答分析,监测免疫疗法的效果,研究疾病发生、发展的分子机制。 烈冰单细胞免疫组库平台具备:1000+ TCR/BCR项目经验,一次实验可同时获取1000-20000个细胞的文库构建,获得转录组和免疫组数据; 具备完善的免疫组库测序和实验质控流程,获取V(D)J全长序列的配对信息;丰富的免疫组库测序和数据分析经验,实现专属个性化数据分析服务,搭配单细胞分析云平台,一键导出交互性的动态结果报告。烈冰测序数据分析平台,不依赖已有物种信息,可研究非模式物种,针对不同平台的数据,制定多套流程;南京空间转录组测序平台

冰冻切片的空间转录组测序在RNA捕获、文库构建方面,需要将组织切片贴合在带有mRNA结合捕获探针的载玻片上,通过甲醛固定、H&E染色得到组织切片的形态结构。再进行透化处理,使细胞中的mRNA释放,并结合到芯片相邻的捕获探针上。将捕获的mRNA反转录合成cDNA并构建测序文库进行上机测序,从而获取基因表达信息。总体来说,空间转录组的实验流程包括:组织冻存-OCT包埋-冷冻切片-固定染色-组织透化-cDNA合成及建库-上机测序,而需要客户进行样本准备的步骤相对简单:组织冻存与OCT包埋。南京BD VDJ测序分析全线搭建BD Rhapsody单细胞测序平台。

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍,保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP:1)碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团,用于区分ATCG;2)3'端使用叠氮基团封闭,保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时,会通过高速荧光显微镜记录荧光图像,再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团,开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光,实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控,随着循环数的增大会出现不同步的情况,因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。

Fluidigm C1平台基于富鲁达(Fluidigm®)的微流控技术应用于单细胞测序(Single Cell RNA Sequencing)领域的商业化中,该技术大约在几个小时中可以捕获96个左右的细胞,进行各类的Single-Cell测序建库。当然,通量还是比较小。但不可否认的是,现在很多非RNA类Single Cell测序,仍然在采用这样的技术,如Single Cell DNA-Seq,Single Cell ATAC-Seq等,都是采用此技术进行单细胞分选后再分别用不同试剂盒建库。所以可以说,至少在10X Genomics、BD或者其他企业推出有效的Single DNA测序技术之前,C1仍然会是市场上的重要组成部分。烈冰生物为您提供一站式全流程单细胞测序服务。

空间转录组测序的数据分析基本分为三个阶段:1. 数据的预处理部分;2. Spot点阵的分群与定义;3. Spot分群的功能与生物学价值。每一个部分都不可或缺,其结果都对后续的分析结果有重要影响。由于空间转录组的序列结构与单细胞转录组测序的左端序列结构是非常接近的,都是Cellbarcode/SpotBarcode + UMI + 捕获区域这样的设计。右端普遍为捕获的RNA序列。因此采用单细胞的原始数据过滤策略即可,左端可以考虑切下捕获区域前的序列区域作为后续分析用的序列以减少分析负荷。随后,采用10X官方的Spatialranger的策略进行后续分析,解析出位于空间位置中的有效的Spot表达矩阵。烈冰对于一个细胞群体中的每个细胞单独进行建库测序分析。全转录组测序

单细胞测序技术的迅速发展和应用推广,为从多维度揭示疾病进展提供了强有力的工具。南京空间转录组测序平台

空间转录组数据可以用单细胞转录组数据的分析策略进行分析,例如,利用GO和Pathway分析筛选不同发育时期特定空间区域内的信号通路及其关键基因的较大情况,揭示在特定发育时期特定区域内发生的生物学过程。针对任何一个基因,空间转录组可以显示表达该基因的点阵及其空间排布;单细胞转录组可以给出该基因表达的细胞类群;原位测序可以给出该基因在细胞内的表达状况。通过不同发育时间点的信息比较,可以分析细胞类群在某个部位在不同时间点的差异,给出其在细胞内的真实的演变状况。南京空间转录组测序平台

上海烈冰生物医药科技有限公司一直专注于生物科技、医药科技、信息科技、计算机科技领域内的技术开发、技术服务、技术转让、技术咨询,市场营销策划,市场信息咨询与调查(不得从事社会调查、社会调研、民意调查、民意测验),从事货物及技术的进出口业务,计算机、软件及耗材(除专控),软件开发【依法须经批准的项目,经相关部门批准后方可开展经营活动】,是一家医药健康的企业,拥有自己**的技术体系。一批专业的技术团队,是实现企业战略目标的基础,是企业持续发展的动力。诚实、守信是对企业的经营要求,也是我们做人的基本准则。公司致力于打造***的单细胞测序,生物大数据云分析平台,空间转录组测序,单细胞多组学测序。公司凭着雄厚的技术力量、饱满的工作态度、扎实的工作作风、良好的职业道德,树立了良好的单细胞测序,生物大数据云分析平台,空间转录组测序,单细胞多组学测序形象,赢得了社会各界的信任和认可。