吞噬泡随机或选择性地捕获待降解目标：LC3活化后，吞噬泡向内弯曲并包围待降解物。这个过程可以是非选择性的，即细胞在饥饿等信号刺激下随机回收一部分蛋白来提供能量。但越来越多的证据表明，正常细胞也可以对受损细胞器和错误折叠的蛋白选择性自噬并降解，以维持细胞内部的健康。当细胞器受损时，待降解物表面生成可以与LC3B-II结合的配体分子，从而引导吞噬泡选择性包裹该物体，形成自噬体。自噬体与溶酶体融合，并由溶酶体降解其中的物质：结尾，自噬体借助微管等细胞骨架移动至溶酶体，并与溶酶体融合。这一过程亦受到许多蛋白的调控。溶酶体中的酶随后将自噬体内容物降解。自噬体与溶酶体融合，成为自溶体，一些被隔离的货物被降解，然后回收以维持细胞内稳态。大连自噬透射电镜
当自噬体与溶酶体融合后，形成自噬溶酶体。自噬性溶酶体是一种自体吞噬泡,作用底物是内源性的,即细胞内的蜕变、破损的某些细胞器或局部细胞质。这种溶酶体普遍存在于正常的细胞内，在细胞内起“清道夫”作用，作为细胞内细胞器和其它结构自然减员和更新的正常途径。在组织细胞受到各种理化因素伤害时，自噬性溶酶体大量增加的，因此对细胞的损伤起一种保护作用。自噬性溶酶体的作用底物是内源性的，即来自细胞内的衰老和崩解的细胞器或局部细胞质等。它们由单层膜包围，内部常含有尚未分解的内质网、线粒体和高尔基复合体或脂类、糖原等。正常细胞中的自噬性溶酶体在消化、分解、自然更替一些细胞内的结构上起着重要作用。当细胞受到药物作用、射线照射和机械损伤时，其数量明显地增多。在病变的细胞中也常可见到自噬性溶酶体。黑龙江自噬流自噬是真核细胞蛋白降解的途径之一。
有研究表明，一种携带TSLC1抑病基因的溶瘤腺病毒可靶向Wnt信号通路使瘤细胞发生细胞自噬、凋亡等从而抑制瘤生长，可延长小鼠模型的生存期，该研究则从基因层面调控了瘤代谢。自噬在肝病的发生的发展中发挥重要作用，但其影响呈双面性。自噬的诱导和抑制在肝病免疫治理中均取得了一定进展，但其作用机制并不完全明确，取决于很多因素，可能和肝病的分化、病程分期等有关。并且，自噬的调控机制在肝病发生的发展的不同阶段可能起到不同的作用，如何调控自噬，减少肝病发生，并且促进细胞进入自噬死亡程序，已经成为瘤预防和治理研究的新热点。
自噬是细胞内的一种「自食（Self-eating）」的现象，凋亡是「（Self-killing）」的现象，二者共用相同的刺激因素和调节蛋白，但是诱发阈值和门槛不同，如何转换和协调目前还不清楚。自噬是指膜（目前来源还有争议，大部分表现为双层膜，有时多层或单层）包裹部分胞质和细胞内需降解的细胞器、蛋白质等形成自噬体（autophagosome），结尾与溶酶体融合形成自噬溶酶体（autophagolysosome），降解其所包裹的内容物，以实现细胞稳态和细胞器的更新。自噬能够明显抑制造血干细胞的代谢，能够清理线粒体堆积，保持自我的再生能力。
药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。针对这一问题，已有临床试验将依维莫司/索拉菲尼/厄洛替尼与自噬阻止剂联用，以达到较大化药效的目的。自噬体是自噬的标志性结构。黑龙江自噬整体实验
自噬体能够与晚期内体融合形成中间囊泡终形成自噬溶酶体。大连自噬透射电镜
伴随着衰老，造血干细胞（HSC）逐渐会失去造血再生的能力，其结果是导致疾病的发生。自噬是细胞的一种生理过程，实际上与健康、长寿和保护HCS免于应激有关。如果自噬功能失去，其结果是导致线粒体堆积和代谢增强，进而加速粒细胞的分化，造成HSC表型失调，降低其再生能力。实际上，在大部分正常衰老的大鼠中也会出现这一问题。然而，有大约1/3的衰老HSC表现为高自噬水平、低代谢速率和明显的长期再生能力。这一点和年轻的HSC差不多。我们的结果显示，自噬能够明显抑制HSC的代谢，能够清理线粒体堆积，保持自我的再生能力。大连自噬透射电镜