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南京高通量测序单细胞多组学测序

来源: 发布时间:2022年09月17日

单细胞多组学测序技术是在单细胞分辨率下精确分析细胞异质性和基因调控网络的新技术,提供了全新的视角来分析细胞的分化路径、细胞间的交互调控和细胞亚群的分离现象。转录组、表观基因组、蛋白组学和代谢组学的差异赋予了组织内同样基因组背景下的单个细胞的功能特异性。单个细胞的组学变化决定了组织的功能状态,因此,阐明组织的细胞异质性是破译生理功能和病理演变的关键。然而,以bulkRNA测序等为**的传统方法掩盖了细胞的异质性,细胞组学变化的平均水平。近10年来,单细胞组学技术应运而生,实现了在单细胞分辨率下研究分子的变化规律。单一的转录本研究不能体现生命进程的变化,因此多组学联合分析成为解析生命进程的有力工具。南京高通量测序单细胞多组学测序

烈冰与国内高校、研究所、医院和药企单位开展深度合作,服务于600+临床与研究机构,1000+客户和5000+重要科研项目,助力并联合发表300+篇CNS等国际学术期刊(不完全统计),在单细胞领域,烈冰助力用户发表单细胞文献30+篇,总IF>300+,IF>10+以上文章占比65%以上,包含Immunity、NatureCellBiology、NaturePlants、AdvancedScience等生物领域国际主流学术期刊,已发表文章研究领域涵盖包括COVID-19研究、疾病发生转移机制,免疫研究、脑神经、白血病、胚胎发育、糖尿病、退行性疾病和植物领域研究等。厦门上海烈冰生物单细胞多组学技术支持单细胞测序技术提供了单个细胞水平下的科学研究视角。

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。

reads数、基因表达量及细胞数量判定过程中:以捕获5000个细胞、100G的测序量为标准,每个细胞的reads数大约在50k左右;每个细胞的基因中位数取决于样本的细胞类型,例如成熟的B,T,粒细胞数量较多的组织中,由于该类型细胞表达的基因数普遍较少,导致基因中位数下降。而某一疾病组织、或者体外培养的如干细胞等,他们的基因表达数较高,甚至可以超过1万,这就导致该类样本基因中位数非常高。因此,我们对细胞数量以及基因中位数确认时,需要考察实际组织的细胞组成。随着组学新技术的不断涌现,高通量的方向发展,通过对多组学数据的整合分析,已成为科研究新方向。

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍,保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP:1)碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团,用于区分ATCG;2)3端使用叠氮基团封闭,保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时,会通过高速荧光显微镜记录荧光图像,再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团,开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光,实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控,随着循环数的增大会出现不同步的情况,因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。随着单细胞多组学的不断进步, 研究者将有机会在单细胞分辨率下进一步理解个体发育以及疾病发展机制。合肥烈冰单细胞多组学多组学测序

分子检测型单细胞多组学测序技术中也有一些集 中于探究单细胞内表观遗传组各层面的变化及关联。南京高通量测序单细胞多组学测序

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