单细胞测序结果动辄上百G数据量，庞大的数据对于分析平台和分析能力有着很高的要求，首先针对下机数据的质控环节：单细胞测序产生数亿的结果序列，不可避免的会出现低质量的测序结果，存在各种情况的序列污染。因此序列过滤及质量评估就会变得极为重要。序列质量主要通过测序质量值Q20/Q30的占比来表征，即碱基测序结果的错误率在1%/0.1%以下的比例。理想的测序结果reads的碱基质量均高于30。保证数据获得后的处理结果的准确性，为后续细胞类型鉴定和功能分析打下坚实基础。个性化制定测序项目方面，满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。南通烈冰单细胞测序
基于10XGeomics动态微流控技术，利用Tn5转座酶酶切开放染色质，形成短片段，单细胞ATAC测序在表观基因组学水平上，揭示单细胞染色质的可及性问题，区分细胞异质性，获得开放染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息，是单细胞表观遗传学的重要突破：分析每个细胞数千个独特的染色质开放区域，识别细胞类型和细胞状态；识别重要的转录因子，进行谱系和发育追踪；探究驱动细胞类型和状态之间基因表达差异的非编码序列；探究细胞类型特异性和基因调控网络特征等。是当前重要的多组学研究基因表达和表观遗传学的手段。苏州高通量测序单细胞测序技术支持十二年测序经验，累计服务与5000余项重要科研项目。
关于10XGenomics单细胞平台的样本类型和样本制备：10X平台在上机前需要注意细胞消化后的细胞团块，获得分离良好的细胞悬液、无细胞随便、极少的细胞团块，且细胞活力高（＞70%）；此外，了解您所研究细胞的大小范围也很重要。细胞大小通常与细胞表达的转录本数量有关。各种尺寸不同的细胞（一般直径不大于50μm）均可与我们基因表达解决方案中使用的10XGenomics平台兼容。一般来说，细胞制备方案将根据组织来源和细胞类型而变化。每种组织类型都是独特的，因此，必须在开始任何单细胞实验之前优化样本制备，烈冰多年样本解离消化经验，累积10+物种、50+组织的消化protocol，若您的样本为组织，且尚未成功将组织样本消化成单细胞悬液，烈冰将尽可能提供技术及实验上的帮助。
SingleCellSequencing技术，即利用优化后的高通量测序技术（NGS，NextGenerationSequencing）分析每一个单个细胞的序列信息，从而更高分辨率地揭示细胞间的细胞差异以及其在微环境中的功能情况。那么问题来了，如何获得单个细胞？如果无法获得单个细胞这一切都是不成立的；如何获得大批量的单个细胞？单个组织细胞群体通常在百万级别以上，如果被检测的测序细胞数量过小精确度不足；如何低成本地获得大批量单个细胞？单细胞测序成本非常高，尤其是需要测2000~3000个以上的细胞的时候，如果单个细胞的分选成本也很高，技术根本无法普及。所以，正因为这些问题的存在使得高通量测序在单个细胞测序应用中的普及度一直不足，直到几个突破性技术的诞生。单细胞科联合空间转录组，展示组织切片中不同区域的基因表达情况，揭示精细病理区域中“唤醒”的信号通路。
一味的追求高细胞数量的捕获，小心得不偿失，原因在这：单细胞测序所有的分析都是基于细胞聚类进行，而细胞聚类是在区分cell和non-cell后，获得细胞基因表达谱，通过降维（pca），无监督聚类以及可视化（t-SNE）得到的。进行细胞聚类时需要考虑到每个细胞的基因表达模式，因此即使是相同的数据，在剔除几个细胞的情况下，前后获得的聚类图也会出现明显不同。而当细胞捕获数过多时，无论是假阴性和假阳性数据还是多细胞数据，都会对正常细胞聚类产生影响，造成聚类结果失真。这也是很多文章，特别是很多高分文章，为什么单个样本捕获细胞数在2000-3000的原因了。烈冰建议单个样本捕获细胞数在3000-5000个时，数据量在100G左右时，可以满足分析和文章发表的多重需求。单细胞测序是高通量测序下的又一重大技术突破。重庆二代测序单细胞测序多组学测序
单细胞测序技术提供了单个细胞水平下的科学研究视角。南通烈冰单细胞测序
针对样本活性的问题，10×Genomics官方建议当单细胞悬液活性低于70%时应做去除死细胞操作，但也需要注意到，去除死细胞的操作会损失一定的细胞数量，10×Genomics和MiltenyiBiotec都没有给出单细胞悬液含有多少细胞数量才建议做去除死细胞的操作。基于烈冰多年单细胞测序实验经验，建议当细胞悬液进行质量和活性检测后，考虑对细胞活性在50%-70%的悬液进行去除死细胞的操作。而太低活性的悬液（小于30%），悬液中细胞大量死亡，可能已经丢失了原组织内的细胞比例和状态，失真严重，建议重新收集样本进行新的实验，保证数据的高质量和实验结果的准确性。南通烈冰单细胞测序
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