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全转录组测序技术支持

来源: 发布时间:2022年06月05日

烈冰生信团队倾情研发的NovelBrain®生信大数据分析平台,可实现零代码操作、简单方便:单细胞浏览器的操作简单,不需要命令行操作。简单拖拽、设置参数即可运行,即使生信0基础用户也可以运用自如;可视化展示海量结果文件:可视化展示Cluster的基因数,UMI数量、线粒体RNA占比信息;以及不同Cluster对应的细胞数量、基因表达量、RNA表达量、样本细胞分布、线粒体RNA表达量等;3D立体展示,文章动图先人一步:单细胞浏览器针对t-SNE图、UMAP图和pseudotime结果进行三维立体展示,更加直观立体的观察细胞分布和聚类情况。ATCG碱基的排列组合构成了测序的庞大世界。全转录组测序技术支持

空间转录组测序的数据质量和玻片有效区域的利用率、贴片的质量和透化时间息息相关。贴片质量不良会影响总的有效spot数等;而透化不合理会导致spot的reads数、基因中位数等参数。而 在特异性基因表达方面,我们也可以统计空间转录组群体的特异性基因表达即Markergene,将他们在组织切片以及空转上进行着色。我们也可以对于任意一个已知的基因或者数据库中的一些细胞Marker,然后将其在基因表达在空间转录组的切片以及HE染色上展示自己的基因表达进而了解,群体中的可能的细胞组成关系。 北京空间转录组测序平台烈冰开展了单细胞转录组、单细胞多组学以及空间转录组等多种产品在内的全套科研解决方案。

相对于Smart-Seq技术在细胞数量上的问题,BD和10X这两个平台普遍提供的细胞数量都在1-6K不等的测序细胞量,这个量级的测序细胞量已经可以说能够完全覆盖绝大部分组织的Single Cell群体类型。因此,这两种技术对于基于基因表达进行准确细胞分型上,无论是从细胞数量上来说还是表达检测可靠性来说,都会更实用。同时依托Random Cell Label技术,使得其对于NovaSeq、HiSeq X Ten、Hiseq 4000等设备存在的Index hooping现象,相对于Smart-Seq数据来说,影响几乎可以忽略不计(10X Genomics官方网站曾给出hooping测试结果,显示无影响。

空间组测序技术,作为现阶段单细胞技术的重要补充技术进入了组学的实验领域以及生物信息学的分析领域。通过单细胞测序(单细胞表达尺度)+ 空间转录组测序(空间表达尺度)+数字病理(临床诊断尺度)联合分析可在空间和时间上描述不断演变的组织生态系统,多角度深入分析组织的形态特征、基因组学特征、表观遗传调控因子以及样本中的免疫微环境。不同于单细胞测序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空间转录组分析实际上是非常需要研究者和企业之间的互动的,尤其是对于组织切片的理解,一个在线互相交流空间转录组测序结果的系统也是空转分析中不可或缺的一环,也是重中之重。单细胞测序技术的迅速发展和应用推广,为从多维度揭示疾病进展提供了强有力的工具。

针对单细胞测序的细胞数量判断环节:主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。过滤标准:由于细胞破碎后游离RNA会释放到环境或孔中,并且测序中也会存在一些死细胞,导致数据存在background值。因此,我们需要设定一定的标准来过滤掉假细胞或死细胞。以10× Genomics为例,细胞数量判断主要通过分析UMI Counts-Barcode曲线斜率拐点,当存在多个斜率拐点的时候,结合预期UMI=500时的细胞数量进行过滤。当斜率拐点低于UMI=500的时候,选择UMI=500作为细胞的判断的标准;否则,选择和预期细胞数量非常接近的拐点作为细胞判断的位置。这样我们能够有效获得真实的并且在基因数量上可以分析的数据。国产化PanoCell单细胞测序平台,提供高性价比服务方案。北京单细胞TCR测序

烈冰生物为您提供一站式全流程单细胞测序服务。全转录组测序技术支持

基于10X Next GEM技术,单细胞免疫组库测序一次实验可以同时检测近万个细胞,可在一个样本中同时获5'端mRNA表达谱、TCR和BCR的信息,结合基因的表达谱和V(D)J数据进行复杂组织样本的是影响免疫应答分析,监测免疫疗法的效果,研究疾病发生、发展的分子机制。 烈冰单细胞免疫组库平台具备:1000+ TCR/BCR项目经验,一次实验可同时获取1000-20000个细胞的文库构建,获得转录组和免疫组数据; 具备完善的免疫组库测序和实验质控流程,获取V(D)J全长序列的配对信息;丰富的免疫组库测序和数据分析经验,实现专属个性化数据分析服务,搭配单细胞分析云平台,一键导出交互性的动态结果报告。全转录组测序技术支持

上海烈冰生物医药科技有限公司致力于医药健康,是一家服务型的公司。公司业务涵盖单细胞测序,生物大数据云分析平台,空间转录组测序,单细胞多组学测序等,价格合理,品质有保证。公司从事医药健康多年,有着创新的设计、强大的技术,还有一批专业化的队伍,确保为客户提供良好的产品及服务。烈冰生物秉承“客户为尊、服务为荣、创意为先、技术为实”的经营理念,全力打造公司的重点竞争力。