药物分子的自噬促进作用可以是其调整某种疾病的功效所在，例如雷帕霉素在调整克罗恩病等场合进入临床应用，其功能可能有一部分是通过促进自噬来实现的。但另一方面，由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。例如，依维莫司和索拉菲尼作为新型抗病药，其化疗效果主要是通过阻止mTOR来阻止病变细胞过于活跃的代谢，但阻止mTOR导致的自噬上调会抵消一部分该药物的杀伤力。又例如，表皮生长因子受体（EGFR）阻止剂，如厄洛替尼（Erotinib），是一类新型靶向抗病药物，但阻止EGFR也可诱导自噬上调，从而导致病变出现耐药。溶酶体中的酶随后将自噬体内容物降解。台州单荧光自噬
对抗关系中，自噬与凋亡的目标及过程背道而驰。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。内质网应激中，自噬通过消化蛋白聚集物和错误折叠蛋白维护内质网功能，限制了内质网应激反应诱发的细胞凋亡。在细胞能量危机的时候，自噬还通过消化细胞器和蛋白质等大分子为细胞提供能量和营养，延长细胞寿命。因而在成年小鼠的饥饿期、乳鼠出生后的喂养适应期以及营养剥夺的细胞中，均显示出自噬为细胞存活所必需[11]。在细胞遭受代谢应激、药物调整和放射性损伤时，自噬也是维护基因完整性的重要机制。因此，在乳腺病、前列腺病及结肠病细胞中阻止自噬，能够提高病变细胞对放化疗的敏感性。线粒体自噬是自噬的一种，它能通过清理去极化线粒体减少活性氧簇，达到细胞保护的目的。线粒体自噬甚至可通过减少线粒体外膜通透化(mitochondrialoutermembranepermeabilization,MOMP)和减少细胞色素C和SMAC/DIABLO等线粒体促凋亡蛋白的释放阻止凋亡发生。上海细胞自噬Beclin1虽然自体吞噬不直接破坏细胞膜和细胞核，但断裂或消化刚发生时，细胞膜和细胞核会变成溶酶体消化分解自身。
自噬已被证明与许多疾病的发生和进展密切相关，这些疾病包括神经退行性疾病（帕金森病，阿尔茨海默病等）、病症、自身免疫病等。常见的自噬过程包括巨自噬、微自噬和分子伴侣介导的自噬。巨自噬又可以进一步细分为非选择性自噬和选择性自噬。选择性自噬是细胞器的自噬，如线粒体自噬、过氧化物酶体自噬、脂质自噬、叶绿体自噬、核糖体自噬等。巨自噬是细胞清理受损细胞器和无用蛋白的主要途径。在这一过程中，细胞接受自噬诱导信号后，在细胞质中首先形成一个个小的类似双层脂质体的吞噬泡，然后吞噬泡不断延伸，并将受损细胞器或蛋白包裹起来，形成自噬体。自噬体在细胞质中被转运至溶酶体并较终与溶酶体融合，在溶酶体的酸性环境中，自噬体里的物质被各种酶降解。
自噬可通过调控免疫来发挥抗瘤作用。多种人类实体瘤细胞中都存在自噬活性的改变，且研究表明自噬与瘤免疫应答具有很大的相关性。在瘤固有的免疫中，自噬可参与瘤相关巨噬细胞分化，进而影响瘤的新生血管生成、免疫抑制和侵袭转移，当自噬受抑制时，巨噬细胞向M2型分化，促进瘤血管生成；反之巨噬细胞向M1型分化，抑制瘤的进展。在瘤的特异性免疫中，自噬在T淋巴细胞存活、发育、稳态及功能调节中发挥重要作用，有研究表明自噬缺陷的T淋巴细胞内线粒体数量异常增加，ROS增加，所以自噬可能通过细胞稳态影响T淋巴细胞发挥功能；还有研究表明自噬缺陷的B祖细胞不能发育成为前体B淋巴细胞；自噬还可参与抗原递呈过程，一方面自噬形成的降解产物可以被递呈到主要组织相容性复合物Ⅰ或Ⅱ类分子表面增强特异性免疫应答，另一方面，瘤自噬小体可作为树突状细胞（DC）的交叉递呈抗原，更有效地提升CD8+T淋巴细胞应答能力。自噬的调控机制在肝病发生的发展的不同阶段可能起到不同的作用。
在大脑自噬过程中，可以增强线粒体功能（细胞中产生能量的部分），保持线粒体平稳运行，会让细胞可以产生更多的能量来为你的身体提供能量。自噬可以触发细胞死亡，清理已经被活性氧氧化应激所破坏而无法修复的细胞（包括旧有的和新有的），损坏细胞死亡时，它们为新的细胞进入并接管提供了空间。自噬就像对细胞进行大扫除，在自噬过程中，你体内的老的细胞膜，细胞器，其他细胞碎片，会被移除，重新换成全新的部件。用更闪亮的新版本替换所有旧的或损坏的部件。你的细胞会变得更年轻，从而使身体更加高效的运行。总之，自噬可以帮助你更长寿，更年轻，恢复的更快，你可以每天做一些事情来唤醒细胞自噬，刺激细胞自噬来使它们更新。L-NAME抑制NO产生能活化自噬, 促进突变Htt 降解并减轻聚集突变蛋白的毒性作用。大连自噬流
发生传染时，可通过自噬调控炎症、抗原及微生物捕捉与降解。台州单荧光自噬
自噬是参与线粒体循环更新的重要途径, 这个过程异常也是PD发病的重要机制。当线粒体损伤时, PINK-1和Parkin被募集至线粒体膜诱导线粒体自噬 (mitophagy) 活化, 从而清chu损伤的线粒体。家族遗传型PD患者中, PINK-1和Parkin突变导致线粒体自噬受阻, 受损线粒体和ROS大量堆积对神经元造成损伤。其他PD相关蛋白也参与了自噬调节, DJ-1功能缺陷影响自噬流; UCH-L1与LAMP-2A结合调节分子伴侣介导的自噬, 影响泛素化的“货物”进入溶酶体, 导致α-synuclein形成聚集体; LRRK2的突变影响分子伴侣介导的自噬转运复合体组装, 也导致分子伴侣介导自噬的缺陷。台州单荧光自噬
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