虽然自噬促进剂和自噬阻止剂在临床应用中有广阔的前景，但许多分子存在特异性不足的问题，限制了它们的实际应用。例如，mTOR作为细胞中的一个重要的能量感受器，调控自噬只是其下游众多信号通路中的一个，故而，旨在改变自噬水平的mTOR阻止剂/激动剂，存在许多可能不利于总体疗效的副作用，这限制了雷帕霉素在调整神经退行性疾病中的应用。又例如，氯喹或羟氯喹可以通过扰乱溶酶体功能阻止自噬，增强化疗药物的作用，但其免疫阻止作用有可能不利于总体的抗病效果。自噬并不引发细胞死亡，相反促进细胞存活。在自噬的情况下，荧光显微镜下RFP-GFP-LC3B则聚集在自噬体膜上，以黄色斑点的形式表现出来。苏州药物治疗自噬
自噬过程的调控：从自噬特点中可以看出，自噬这一过程一旦启动，必须在度过危机后适时停止，否则，其非特异性捕获胞浆成分的特性将导致细胞发生不可逆的损伤。这也提醒我们在研究自噬时一定要动态观察，任何横断面的研究结果都不足以评价自噬的活性。目前，已经报告了比较多因素能诱导细胞发生自噬，如饥饿、生长因子缺乏、微生物传染、细胞器损伤、蛋白质折叠错误或聚集、DNA损伤、放疗、化疗等等，这么多刺激信号如何传递的、哪些自噬蛋白接受信号、又有哪些自噬蛋白去执行等比较多问题都还在等待进一步解答中。自噬字面上理解就是自己吃自己，细胞把不用的大分子或是衰老损伤的细胞器分解再利用。大连细胞自噬电镜检测远志皂苷B通过Atg7调节和AMPK-mTOR信号通路诱导PC12细胞自噬。
当化疗、放疗后，病变细胞会产生大量的破损细胞器、损坏的蛋白质等有害成分，而此时提高自噬活性可及时清理这些有害物质，并提供应急的底物和能量为修复受损DNA赢得时间和条件.由于自噬减少了病变细胞在代谢应激时发生坏死的机会，而对于病变细胞群体而言，需要一部分细胞发生坏死，以引发适度的炎症（有利于血管的长入、吸引免疫细胞分泌生长因子等）。研究发现，许多类型的病变在代谢应激时会「组成性」活化PI3K信号以阻止自噬（由于凋亡通路已受阻，阻止自噬会促进坏死），但具体机制尚不清楚。
我国肝病发生的原因多见于慢性HBV和HCV沾染，此外还与酒精性及非酒精性脂肪肝相关。HBV诱导的肝细胞自噬通常是由HBVx蛋白诱导的，HBx是HBVx基因编码的一种多功能潜在性蛋白，在慢性肝炎、肝硬化和肝病中发挥重要作用。HBx可通过抑制Beclin1与bcl-2结合和JNK-ROS信号通路启动自噬。其他HBV蛋白如HBsAg可通过与折叠错误的蛋白结合诱导自噬。但有趣的是，自噬的发生在肝病中的作用是一个复杂的双向调节过程，虽然HBx和HBsAg可通过不同途径启动和诱导自噬发生，但HBx在体内同时发挥出另一方面的作用，通过对ATP酶与mTOR的诱导，导致溶酶体酸化和降解能力降低，两方面共同作用下，然后体内自噬作用是减弱的。自噬启动的增加及溶酶体工作能力的降低，共同导致了p62堆积，从而促进病毒沾染，导致肝细胞坏死及凋亡增加。而p62的异常堆积可活化核转录因子E2相关因子2（Nrf2），启动抗氧化应激反应，使肝细胞在氧化应激条件下增加病变风险。自噬即细胞“吃掉自己”的过程，是一种细胞自我降解和循环利用胞内组分的过程。
在抗中流zhiliao过程中, ai细胞的生死存亡不仅取决于自噬活性, 还与抗中流药物的作用机制有关。Gump等近期发表的研究发现, 经流式细胞技术分选的高自噬水平和低自噬水平的HeLa细胞 (人子宫颈ai细胞), 用抗ai药物TRAIL和Fas配体进行处理, TRAIL处理之后, 高自噬水平的细胞存活率更高; 而Fas配体处理后, 低自噬水平的细胞却显现出更高的生存率。在TRAIL处理后, 高自噬水平的细胞降解了被药物激huo的半胱天冬酶-8 (Caspase 8), 从而阻断了致死的通路; 而在Fas配体处理后, 高自噬水平的细胞却降解了FAP-1蛋白, 使得细胞对Fas配体更加敏感, 促进中流细胞死亡。白藜芦醇可诱导H9c2细胞自噬，其通路可能与激huo的p38MAPK相关。西安细胞自噬慢病毒包装
由于自噬体膜形成过程中需要LC3，因此通过标记LC3可以识别自噬体。苏州药物治疗自噬
凋亡相关caspase家族蛋白可与自噬相关蛋白互相影响。caspase-3通过剪切灭活Beclin-1阻止自噬促发凋亡。研究发现凋亡死亡受体通路中DISC可在自噬体膜上组装，应用蛋白酶阻止剂如硼替佐米或溶酶体阻止剂氯喹阻止自噬，会增进DISC形成进一步唤醒caspase-8寡聚化诱导凋亡。T细胞研究中发现caspase-8调控着自噬，caspase-8缺陷或Fas死亡结构域相关蛋白(Fas-associateddeathdomain,FADD)缺陷的T细胞其自噬功能被上调。Furuya等发现Beclin-1可通过提高caspase-9活性而增强凋亡诱导剂诱发的细胞凋亡。苏州药物治疗自噬