溶酶体的作用还包括对细胞内物质的消化，溶酶体能消化分解经胞吞作用摄入细胞内的各种物质和细胞内衰亡或损伤的各种细胞器等。吞噬性溶酶体内的各种大分子在水解酶的作用下，可以被分解为简单物质。例如，能将蛋白质分解为二肽或游离氨基酸；把核酸分解为核苷和磷酸；使碳水化合物分解为寡糖类或单糖；将中性脂肪分解为甘油和脂肪酸等。这些被分解而生成的可溶性小分子物质，能透过溶酶体体膜进入细胞质基质，重新参与细胞的物质代谢，一些未被完全消化的物质残留下来，形成残余小体。微自噬可以起到将糖原运输到溶酶体中的作用。安徽mRFP-GFP-LC3双荧光自噬
自噬是一种通过溶酶体在细胞内部降解功能失调的细胞组分的过程。细胞质分解为各类基础组分，且可重新进入细胞质实现再利用。自噬属动态过程。在基础条件下，各类细胞中均存在低水平自噬。但营养不足或缺氧等刺激可能导致自噬水平上调。自噬信号通路受到严密调控，在基础水平上起到重要管家作用，可使细胞在多种应力条件下继续存活。大自噬是较为主要的自噬通路，负责将细胞质内物质通过中间双重细胞膜囊泡传输至溶酶体。中间双重细胞膜囊泡是一种自噬体，可与溶酶体相结合，形成自噬体。安徽mRFP-GFP-LC3双荧光自噬自噬与凋亡合作方式在现有研究报道中较为多见。
在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。这些自噬体与溶酶体融合，成为自溶体，一些被隔离的货物被降解，然后回收以维持细胞内稳态。在我们的生命中，细胞会因为氧化应激（长期使用和经久不修，会出现老化，失灵的现象，一般情况下，细胞可能会凋亡）而积累损伤，慢慢变老。随着年龄的增长，这种压力会逐渐增加，逐渐削弱细胞活力，使细胞效率降低。而自噬可以清理掉磨损的细胞，并进行更换，从而使细胞衰老的时间延长。
强度比较大的间歇训练时，身体会进入一个低氧环境，激烈运动使氧气被心肺活动优先利用，这会让细胞无法得到氧气而死亡，称为凋亡。凋亡是件好事，这也是人体所必需的。一开始执行比较强的度的有氧运动时，让一些细胞凋亡，但是你身体开始习惯比较强的度的运动后，就会细胞会开始适应，并开始透过自噬作用来取代凋亡。比较强的度间歇性训练在五周后触发更多的自噬，比较强的度间歇训练虽然在短期内对自噬没有太大的帮助，但是只要坚持下来，就会对自噬有帮助。当自噬体与溶酶体融合后，因GFP荧光的部分淬灭而以红色斑点的形式表现出来。
在阿尔茨海默症（老年痴呆症，Alzheimer'sDisease,AD）中，可在病变神经细胞中观察到大量自噬体的累积。这一方面可能意味着在AD中，淀粉样蛋白或Tau蛋白的产生过多，导致细胞不得不提高自噬水平，但另一方面，自噬功能异常也有可能是至少一部分AD的原因。现有的研究表明，一种叫PS1/PS2的蛋白发生突变可以导致一种常染色体显性的家族遗传性AD。对该蛋白功能的研究表明，除了直接参与淀粉样蛋白的生成以外，PS1的一个比较重要的功能是维持溶酶体内部的酸性环境。由于自噬体不和pH异常的溶酶体发生融合，大量无法融合的自噬体在细胞质中累积，进一步影响了淀粉样蛋白等错误蛋白的清理，加速了AD的发生。研究主要集中在酵母及其它重要的单细胞真核生物,而对植物和哺乳动物细胞中的自体吞噬过程的了解则更少。黑龙江细胞自噬整体实验
通过融合表达RFP-GFP-LC3B蛋白，可以非常有效地追踪自噬过程。安徽mRFP-GFP-LC3双荧光自噬
自噬与疾病：1、自噬与代谢：自噬能清理不正常构型的蛋白质，并消化受损和多余的细胞器，是真核细胞中普遍存在的降解/再循环系统。在细胞新陈代谢、结构重建、生长发育中起着重要作用。在饥饿和新生儿早期，自噬作用明显加强，自噬体明显增多。2、自噬与肿细胞：细胞自噬与细胞的关系十分复杂，目前尚未完全阐明。一方面，正常细胞自噬增强，可表现出阻止肿细胞发生的功能；与此相反，阻止细胞自噬有潜在的致瘤可能。另一方面，肿细胞也可通过增强细胞自噬来对抗由缺氧、代谢产物、诊治药物诱导的应激反应。自噬基因的突变可以导致遗传病，自噬机制受到的扰乱还与病症有关。安徽mRFP-GFP-LC3双荧光自噬