系统性红斑狼疮是一类高度异质的自身免疫病的总称，其主要特点为大量抗DNA/RNA自身抗体的出现。这些过量的抗DNA/RNA抗体的出现有许多种可能的解释，其中一种可能的原因是，细胞内部清理垃圾DNA/RNA的自噬途径受阻，导致大量垃圾DNA/RNA累积，直至超过了免疫系统对自身抗原的耐受阈值。对SLE患者的基因多态性分析表明，有一部分患者中Atg5和Atg7产生突变，提示自噬紊乱作为SLE的一种病因的可能性。另一方面，在SLE患者的T细胞中，可观测到自噬普遍上调，这可能是大量免疫原性物质刺激的结果而非原因。许多临床上用于调整SLE的药物都有阻止自噬的作用，例如羟氯喹。这些药物的调整作用，可能有一部分是通过直接阻止树突状细胞中的自噬来影响自身抗原提呈来实现的。由于自噬对病细胞的保护作用，某些药物促进自噬的作用可能导致病细胞对其出现耐药性。对抗关系中，自噬与凋亡的目标及过程背道而驰。上海GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装
在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。这些自噬体与溶酶体融合，成为自溶体，一些被隔离的货物被降解，然后回收以维持细胞内稳态。在我们的生命中，细胞会因为氧化应激（长期使用和经久不修，会出现老化，失灵的现象，一般情况下，细胞可能会凋亡）而积累损伤，慢慢变老。随着年龄的增长，这种压力会逐渐增加，逐渐削弱细胞活力，使细胞效率降低。而自噬可以清理掉磨损的细胞，并进行更换，从而使细胞衰老的时间延长。江西mRFP-GFP-LC3双荧光自噬慢病毒包装大脑自噬可以增强线粒体功能，保持线粒体平稳运行，会让细胞可以产生更多的能量来为你的身体提供能量。
强度比较大的运动是开启自噬比较好的方法，另一项研究中，低强度和比较强的度运动组分别进食和禁食。然后得出结论：比起饮食，启动人体骨骼肌自噬的较有效策略是运动强度，剧烈运动是肌肉自噬的较有效诱因。此外，剧烈运动下的自噬会增加生长因子，从而加速肌肉修复。因此，在运动锻炼中偶尔进行冲刺或在每周运动计划里添加1-2次的比较强的度间歇训练（HIIT），或者比较强的度的力量训练，更容易启动自噬。通过运动、线粒体启动剂等可以增强肥胖、糖尿病等代谢类疾病个体的线粒体自噬活性，从而减少受损线粒体的堆积，进而降低胰岛素抵抗。
强度比较大的间歇训练时，身体会进入一个低氧环境，激烈运动使氧气被心肺活动优先利用，这会让细胞无法得到氧气而死亡，称为凋亡。凋亡是件好事，这也是人体所必需的。一开始执行比较强的度的有氧运动时，让一些细胞凋亡，但是你身体开始习惯比较强的度的运动后，就会细胞会开始适应，并开始透过自噬作用来取代凋亡。比较强的度间歇性训练在五周后触发更多的自噬，比较强的度间歇训练虽然在短期内对自噬没有太大的帮助，但是只要坚持下来，就会对自噬有帮助。自噬可以抑制慢性肝炎或肝硬化向肝病转变，而自噬缺乏则可能会导致肝病发生。
HCV相关肝病发生的发展过程中，细胞自噬的作用较为复杂，其促进肝病的机制可能与促进病毒复制及扩散有关，此外还与增加肝病细胞对化疗药物抵抗能力相关。研究表明，自噬形成的双层膜结构可能为HCV翻译提供了场所和原料。HCV非结构蛋白4B(NS4B)与Vps34、Ras相关蛋白5(Rab5,一种小GTP酶家族的成员)结合形成复合物，正向调控自噬发生，但抑制自噬前体形成及自噬溶酶体降解，导致异常蛋白质降解能力减弱，自噬降解能力减弱可导致HCV复制增加，肝细胞内病毒堆积，细胞内脂质堆积，进而肝细胞脂肪变性增加，肝细胞坏死、病变可能增加。自噬在肝病的发生的发展中发挥重要作用，但其影响呈双面性。上海GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装
高脂饮食则会导致机体的自噬受损，从而加速非酒精性脂肪肝向肝病方向发展。上海GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装
在自噬过程中，你体内的老的细胞膜，细胞器，其他细胞碎片，会被移除，重新换成全新的部件。自噬方面，P53通过转录依赖和非依赖机制发挥调节作用。P53转录唤醒AMPK和结节性硬化复合物1/2而阻止mTOR诱导自噬；核内P53还可转录唤醒损伤调节自噬调节子，提高自噬；另一方面，胞质P53与高迁移率盒蛋白1形成复合物协调自噬水平，靶向敲除胞质P53基因会提高HMGB1表达诱导自噬，而敲除HMGB1则提高胞质P53表达水平阻止自噬。此外还有报道自噬蛋白ATG7能够直接调节P53表达。上海GFP-LC3单荧光自噬慢病毒包装