我国肝病发生的原因多见于慢性HBV和HCV沾染，此外还与酒精性及非酒精性脂肪肝相关。HBV诱导的肝细胞自噬通常是由HBVx蛋白诱导的，HBx是HBVx基因编码的一种多功能潜在性蛋白，在慢性肝炎、肝硬化和肝病中发挥重要作用。HBx可通过抑制Beclin1与bcl-2结合和JNK-ROS信号通路启动自噬。其他HBV蛋白如HBsAg可通过与折叠错误的蛋白结合诱导自噬。但有趣的是，自噬的发生在肝病中的作用是一个复杂的双向调节过程，虽然HBx和HBsAg可通过不同途径启动和诱导自噬发生，但HBx在体内同时发挥出另一方面的作用，通过对ATP酶与mTOR的诱导，导致溶酶体酸化和降解能力降低，两方面共同作用下，然后体内自噬作用是减弱的。自噬启动的增加及溶酶体工作能力的降低，共同导致了p62堆积，从而促进病毒沾染，导致肝细胞坏死及凋亡增加。而p62的异常堆积可活化核转录因子E2相关因子2（Nrf2），启动抗氧化应激反应，使肝细胞在氧化应激条件下增加病变风险。自噬为细胞的再生和修复提供原料，实现细胞内物质的循环利用。湖北电镜观察自噬
自噬的步骤可以大概总结为下面四步：步骤1：细胞接受自噬诱导信号后，在胞浆的某处形成一个小的类似「脂质体」样的膜结构，然后不断扩张，但它并不呈球形，而是扁平的，就像一个由2层脂双层组成的碗，可在电镜下观察到，被称为Phagophore，是自噬发生的铁证之一。步骤2：Phagophore不断延伸，将胞浆中的任何成分，包括细胞器，全部揽入「碗」中，然后「收口」，成为密闭的球状的autophagosome，即「自噬体」。电镜下观察到自噬体是自噬发生的铁证之二。有2个特征：一是双层膜，二是内含胞浆成分，如线粒体、内质网碎片等。步骤3：自噬体形成后，可与细胞内吞的吞噬泡、吞饮泡和内体融合（这种情况不是必然要发生的）。步骤4：自噬体与溶酶体融合形成autolysosome，期间自噬体的内膜被溶酶体酶降解，二者的内容物合为一体，自噬体中的「货物」也被降解，产物（氨基酸、脂肪酸等）被输送到胞浆中，供细胞重新利用，而残渣或被排出细胞外或滞留在胞浆中。山西GFP-LC3单荧光自噬分子伴侣介导的自噬发生在许多组织中，主要功能有长期饥饿时为细胞供能，调节代谢通路，清理无用蛋白质等。
自噬能清理不正常构型的蛋白质，并消化受损和多余的细胞器，是真核细胞中普遍存在的降解/再循环系统。细胞自噬通路子实体首先会在细胞中形成杯状膜结构，随后就会吞噬指定的细胞物质并进行降解，这些膜的形成能被蛋白质复合体机器所催化，研究者SaschaMartens解释道，如今我们发现了参与自噬体形成的多种因子，但截止到目前为止我们并不清楚这些因子是如何聚集在一起启动这些膜的形成的。其中一个因素就是Atg9蛋白，其重要性显而易见，但研究者并不清楚其所扮演的关键角色，Atg9存在于胞外小囊泡中，研究者指出，其能形成一种平台，以便自噬及其能够组装形成自噬体，Atg9囊泡在细胞中非常丰富，这就意味着当自噬体被需要时其就能比较快被招募过来。
当化疗、放疗后，病变细胞会产生大量的破损细胞器、损坏的蛋白质等有害成分，而此时提高自噬活性可及时清理这些有害物质，并提供应急的底物和能量为修复受损DNA赢得时间和条件.由于自噬减少了病变细胞在代谢应激时发生坏死的机会，而对于病变细胞群体而言，需要一部分细胞发生坏死，以引发适度的炎症（有利于血管的长入、吸引免疫细胞分泌生长因子等）。研究发现，许多类型的病变在代谢应激时会「组成性」活化PI3K信号以阻止自噬（由于凋亡通路已受阻，阻止自噬会促进坏死），但具体机制尚不清楚。自噬在细菌与病原体入侵时产生的免疫防御中起到关键作用。
自噬可以抑制慢性肝炎或肝硬化向肝病转变，而自噬缺乏则可能会导致肝病发生。小鼠饥饿实验中，24h内小鼠肝脏35%的蛋白质经自噬途径降解。Takamura等研究中，ATG5或ATG7基因缺失的6~9月龄小鼠模型发生肝肿大或肝瘤，并且肝病细胞中有大量泛素化蛋白堆积，而正常肝细胞则没有；肝病的发生可能起源于自噬缺失的肝细胞，具体机制可能与线粒体肿胀、p62堆积、氧化应激、DNA损伤反应等有关。此外，在ATG7缺乏的小鼠模型中特异性下调p62表达后，表明p62堆积对肝病发生可能起促进作用。Bao等研究发现，在石蜡包埋的肝病组织切片中发现肝病细胞中有p62蛋白堆积，但周围未发生病变的正常肝细胞中则未发现p62的异常堆积。微自噬可以起到将糖原运输到溶酶体中的作用。北京自噬透射电镜
在细胞遭受代谢应激、药物调整和放射性损伤时，自噬也是维护基因完整性的重要机制。湖北电镜观察自噬
自噬阻止剂可以通过阻止自噬通路中的某种蛋白来实现阻止自噬，也可以通过直接扰乱溶酶体功能来阻止自噬，因为溶酶体是自噬完成的关键场所。氯喹和羟氯喹是两种临床中常用的药物，较早它们被用于调整疟疾，后来又发现其对SLE等病有效，它们都是通过降低溶酶体酸性、扰乱溶酶体功能来阻止自噬的。这些分子现在也在临床实验中与化疗药物联用以降低耐药性。解决特异性不足的一个未来的研究方向，是针对特异性更高的靶点（即该蛋白只存在于自噬通路中）开发阻止剂/激动剂。另外，针对系统性的脱靶效应，可以通过靶向递送的方式将脱靶效应降至较低，例如将自噬阻止剂与化疗药物连接在同一个靶向到病变的药物载体上，使其只影响病变中的自噬水平而不干扰免疫系统。在自噬过程中，通过压力诱导自噬后，细胞质物质被自噬体的双膜结构隔离。湖北电镜观察自噬