长期表达。与其他产品相比，部分基因zhiliao产品的明显特征是可以在患者靶细胞或基因修饰细胞中持续存在并编码表达作用因子（功能性蛋白或基因表达调节元件），并通过长久或长期改变靶细胞或组织的功能来达到zhiliao效果。同时，由于基因zhiliao编码的作用因子在体内的长期暴露或表达异常，可能产生与其功能相关的长期安全性风险，如细胞生长失控和恶性liu形成、自身免疫反应或其他无法预测的迟发性不良反应。潜伏再jihuo。部分病毒类基因zhiliao产品可能存在从潜伏期被再jihuo的可能性或者引起机体中已有病毒ganran的再jihuo，存在ganran相关的迟发性不良反应的风险。脱靶检测服务，...

由于设计的sgRNA会与非靶点DNA序列错配，引入非预期的基因突变，即脱靶效应(Off-targeteffects)。脱靶效应造成了研究中的许多不确定性，这无疑限制了该技术的应用。因此，研究者希望能开发有效的方法来检测脱靶效应。在目前主流的脱靶效应评估方法中，有一种方法为GUIDE-seq，其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸（dsODN）标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂，然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序，通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应，从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路；与其他的评估方法相比，GUIDE-seq更...

TCR修饰免疫细胞的脱靶毒性可通过评估TCR与人体自身抗原肽的交叉识别能力来评估。首先，应采用体外试验测定TCR修饰的免疫细胞与人自身抗原肽-HLA（与递呈靶抗原肽的HLA等位基因相同）复合物的亲和力，并说明抗原肽的选择依据及选择范围。此外，还应研究其他相关或不相关的蛋白中是否含有靶抗原肽序列。如果TCR与人自身抗原肽有交叉反应可能，应确定靶抗原肽的较小识别基序（motif），并采用计算机预测分析评估交叉反应性。如果计算机预测可识别出具有潜在交叉反应性的抗原肽，应在体外测定TCR修饰免疫细胞对表达相应蛋白或递呈相应抗原肽的的细胞的识别能力。如果不能排除交叉反应性，应基于含有潜在交叉反应性抗原肽...

但是由于CHIP-seq实验本身的难度较高，DISCOVER-seq这类方法的接受度并不高。3. 其他特殊方法CRISPR技术经过这么多年的发展，其应用已经不局限于造成DNA双链断裂，一些不要切割DNA双链的CRISPR衍生技术（如碱基编辑、先导编辑和CRISPRi/a），可以在不引发随机突变的情况下，对基因组进行精细编辑或者调控。这些技术所使用nCas9或dCas9只结合或者切割双链中的一条链，之前的脱靶检测方法都不能直接适用。这些CRISPR衍生技术中，CRISPR产生的脱靶可以被细分为两个部分，其一是Cas9/sgRNA结合DNA导致的脱靶，这部分信息使用同样序列的sgRNA进行野生型C...

采用基因编辑技术制备的细胞产品。对于采用基因编辑技术制备的基因修饰细胞产品，应进行体外在靶和脱靶活性评估，以确认修饰酶或向导RNA对靶基因序列的特异性。在评估基因编辑的脱靶风险时，应说明所选择的评价策略的合理性和敏感性。虽然采用计算机分析预测基因编辑的潜在脱靶位点，并对潜在脱靶位点进行深度测序分析，可用于评估基因编辑的脱靶风险；但选择的评价策略仍应包含体外全基因组测序比对，以证明潜在脱靶位点未出现脱靶。此外，在评估脱靶活性时，还应评估种属特异性的差异、细胞病理生理状态的差异或细胞类型的差异对非临床数据预测性的影响。必要时，还应分析基因编辑对细胞表型和生理功能的潜在影响。脱靶检测技术，推荐唯可生...

持续ganran，有复制能力的病毒或细菌载体基因zhiliao产品，有可能在免疫能力低下的患者中发展为持续ganran，进一步增加发生迟发但严重ganran的风险。基因编辑活性，基因编辑等新型基因zhiliao产品有独特的基因组修饰功能，可诱导人类基因组中的位点特异性改变或修饰，同时也可能在基因组中发生脱靶效应，导致非预期的基因表达变化，进而增加未知且不可预测的迟发性不良反应风险。非预期的生物分布，某些基因zhiliao产品需要在特定的细胞或组织中表达以实现zhiliao目的，如果基因zhiliao产品在非预期的细胞、组织或qiguan中表达或修饰，可能引起非靶细胞功能、生长或/分化改变，甚至...

近几年，细胞和基因zhiliao（cell & gene therapy，CGT）领域发展迅猛，在多个方向取得了重大突破，以anti-CD19和BCMA为代的多种CAR-T免疫细胞疗法攻克了一部分血液瘤，多种AAV疗法也给一些难以成药的罕见病提供了有效的zhiliao方案。另一方面，基于CRISPR基因编辑技术的众多基因疗法也进展迅速，较早体外基因编辑疗法较快今年年底能够上市（CRISPR Therapeutics CTX001），体内基因编辑疗法取得了不错的临床数据（Intellia Therapeutics NTLA-2001），使用CRISPR技术制造的通用型CAR-T疗法也是免疫细胞疗...

不论在科研还是临床中，CRISPR技术的使用都带来了非常高的回报，也同时伴随着各种风险，这其中脱靶现象就研究者们较为担心的一类风险。本文中我们盘点了多种主流的CRISPR脱靶位点检测方法，但没有一种方法是适用于所有CRISPR技术的脱靶检测，一个项目中只使用一种脱靶检测方法也是不足够的。如何在实验中，特别是临床试验中多方面评估CRISPR的脱靶风险，需要将多种脱靶检测方法有效组合。同时，每一条sgRNA都不可避免地存在脱靶位点，如何评估这种风险，如何降低这种风险，具体的解决方案我们用临床实例来为大家介绍。种子脱靶检测，推荐唯可生物，实验实力强，专业性高，检测效率高，结果准确率高。南通基因编辑技...

Cas9蛋白是一种切割外来DNA的酶，像一把分子剪刀。该蛋白通常与两个RNA分子结合：crRNA和另一个称为tracrRNA（或“反式jihuocrRNA”）。这两个RNA分子引导Cas9到它将进行切割的目标部位。这段DNA是与crRNA的20个核苷酸互补的。CRISPR技术是从细菌和古细菌的自然防御机制中改编而来的。这些生物体使用CRISPR衍生的RNA和各种Cas蛋白，包括Cas9，来阻止病毒和其他异物的攻击。它们主要通过切碎和破坏外来入侵者的DNA来做到这一点。当这些组件被转移到其他更复杂的生物体中时，它允许对基因进行操纵，或“编辑”。定量脱靶检测，推荐唯可生物，实验实力强，专业性高，检...

脱靶来自于这些技术所携带的功能基团，如碱基编辑的脱氨酶和先导编辑的逆转录酶，不依赖sgRNA结合基因组DNA的情况下产生的脱靶。为检测第二类脱靶现象，研究者需要针对每种技术设计专门的检测方法。1) R-loop seq在碱基编辑开发早期，虽然靶位点的编辑效率很高，但研究者也很快发现脱氨酶会在游离的时候随机修饰暴露的DNA单链，导致大量的脱靶位点。为降低这类脱靶现象的发生，研究者设计了R-loop seq，以dSaCas9结合DNA形成R-loop，暴露出DNA单链，为碱基编辑的脱氨酶提供一个固定的脱靶位点，然后以该位点的编辑效率反映碱基编辑脱氨酶的脱靶程度。可以与靶基因之外的其他基因作用而非特...

基于已有科学经验和既往非临床/临床研究结果，如果认为基因修饰细胞所采用的载体系统可将外源基因整合到细胞基因组中并可在体内长期存续，需综合分析以上风险因素，评估潜在的插入突变、致瘤/致性风险。非临床研究，应采用具有代表性的基因转导细胞进行基因整合位点分析，分析细胞的克隆组成以及在关注基因（如liu相关调控基因）附近有无优先整合迹象，含有关注整合位点的细胞有无优先异常增殖。对于嵌合抗原受体（Chimericantigenreceptor，CAR）或T细胞受体（Tcellreceptor，TCR）修饰的免疫细胞，应尽可能采用多种方法评估其靶点相关毒性和脱靶毒性风险。基因编辑可以‘指哪打哪’,四种脱靶...

由于设计的sgRNA会与非靶点DNA序列错配，引入非预期的基因突变，即脱靶效应(Off-targeteffects)。脱靶效应造成了研究中的许多不确定性，这无疑限制了该技术的应用。因此，研究者希望能开发有效的方法来检测脱靶效应。在目前主流的脱靶效应评估方法中，有一种方法为GUIDE-seq，其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸（dsODN）标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂，然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序，通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应，从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路；与其他的评估方法相比，GUIDE-seq更...

CRISPR/Cas系统是细菌和古细菌在不断进化的过程中产生的适应性免疫防御机制，它应用CRISPR RNA（crRNA）以碱基互补的形式引导相应的Cas蛋白识别入侵的外源基因组，并对其DNA进行剪切，用以保护自身的基因组免受外源核酸如噬菌体、病毒等的干扰和破坏。经过人为改造后，可在真核细胞中实现高度灵活且特异的基因组编辑，通过设计特异性向导RNA(Single guide RNA, sgRNA)序列与靶序列进行碱基配对，从而引导Cas蛋白结合到靶序列处，行使DNA切割功能，然后利用细胞的非同源性末端连接(Non-homologous end joining, NHEJ)或同源重组(Homol...

细胞经基因修饰后会改变其生物学特性，同时也会带来新的安全性风险，如基因编辑脱靶风险、载体插入突变风险、载体重组风险、表达的转基因产物的风险等。细胞经基因修饰后会改变其生物学特性，同时也会带来新的安全性风险，如基因编辑脱靶风险、载体插入突变风险、载体重组风险、表达的转基因产物的风险等。基于基因修饰细胞的产品种类繁多、各有特点，除上述一般技术要求外，还应基于产品的性进行相应的特殊考虑。本指导原则列举了以下三种情形的特殊考虑。通过对DSB的标记实现了全基因组无偏脱靶检测，如IDLVs、BLESS、GUIDE-seq技术等。宁波种子基因脱靶检测技术以上长期随访时间的建议主要基于基因zhiliao的产品...

由于设计的sgRNA会与非靶点DNA序列错配，引入非预期的基因突变，即脱靶效应(Off-targeteffects)。脱靶效应造成了研究中的许多不确定性，这无疑限制了该技术的应用。因此，研究者希望能开发有效的方法来检测脱靶效应。在目前主流的脱靶效应评估方法中，有一种方法为GUIDE-seq，其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸（dsODN）标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂，然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序，通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应，从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路；与其他的评估方法相比，GUIDE-seq更...

CIRCLE-seq和CHANGE-seq与SITE-seq同期发表的CIRCLE-seq一定程度上解决了SITE-seq的一些问题。CIRCLE-seq的第一步是将纯化后的基因组DNA随机打断成300bp左右的片段，然后首尾相连成环状DNA，这种方法很好地避免了DNA随机断裂造成的背景噪声。实验的第二步是用Cas9切割环状DNA，再连上接头并进行双端测序，这样就可以在一次测序中同时获取切割位点的两侧序列，弥补了SITE-seq的另一个缺点。CIRCLE-seq从总体上来说要优于SITE-seq，但是将基因组DNA随机打断后成环的效率并不高，所以同一作者在3年后发表了CHANGE-seq，用T...

对于CAR修饰的免疫细胞，应采用多种体外方法评估其胞外抗原识别区的脱靶风险。TCR修饰免疫细胞的脱靶毒性可通过评估TCR与人体自身抗原肽的交叉识别能力来评估。首先，应采用体外试验测定TCR修饰的免疫细胞与人自身抗原肽-HLA（与递呈靶抗原肽的HLA等位基因相同）复合物的亲和力，并说明抗原肽的选择依据及选择范围。此外，还应研究其他相关或不相关的蛋白中是否含有靶抗原肽序列。如果TCR与人自身抗原肽有交叉反应可能，应确定靶抗原肽的较小识别基序（motif），并采用计算机预测分析评估交叉反应性。如果计算机预测可识别出具有潜在交叉反应性的抗原肽，应在体外测定TCR修饰免疫细胞对表达相应蛋白或递呈相应抗原...

对于基因修饰细胞zhiliao产品，充分的非临床研究是为了：（1）阐明基因修饰的目的、功能以及产品的作用机制，明确其在拟定患者人群中使用的生物学合理性；（2）为临床试验的给药途径、给药程序、给药剂量的选择提供支持性依据；（3）根据潜在风险因素，阐明毒性反应特征，预测人体可能出现的不良反应，确定不良反应的临床监测指标，为制定临床风险控制措施提供参考依据。因此，应充分开展非临床研究，收集用于风险获益评估的信息，以确立拟开发产品在目标患者人群中预期具有合理的、可接受的获益风险比，同时为临床试验的设计和风险控制策略的制定提供支持性依据。脱靶检测简单有效的方法之一是全基因组测序法。南通crispr/ca...

CAR或TCR修饰的免疫细胞对于嵌合抗原受体（Chimericantigenreceptor，CAR）或T细胞受体（Tcellreceptor，TCR）修饰的免疫细胞，应尽可能采用多种方法评估其靶点相关毒性和脱靶毒性风险。对于靶点相关毒性，应采用体外方法深入分析靶点在人体qiguan、组织和细胞中的表达分布情况，基因表达分析库和文献调研也可能会有助于阐明靶点在不同病理生理状态下的表达是否存在差异。应采用表达和不表达靶抗原的细胞作为靶细胞进行体外试验，确认CAR或TCR修饰的免疫细胞可特异性的识别和杀伤靶细胞。对于CAR修饰的免疫细胞，应采用多种体外方法评估其胞外抗原识别区的脱靶风险。脱靶检测技...

CRISPR/Cas9的问题：和TALEN和ZFNS技术一样，CRISPR/Cas9技术在应用时也存在一定概率的脱靶问题——Cas9核酸酶在非目标位点发生切割，引入非预期的基因突变。脱靶切割引入的突变可能会直接破坏细胞的基本功能，带来不可预控的严重后果。如何减轻脱靶效应？gRNA的GC含量：gRNA 的序列结构对CRISPR/Cas9基因编辑的靶向活性有影响。gRNA 序列中 40%–60%的 GC 含量可以增加靶向活性，因为较高的 GC 含量稳定了DNA：RNA 双链体并破坏了脱靶结合。gRNA-on-gRNA序列的位置对编辑有影响，位于四个核苷酸末端的嘌呤残基可以提高编辑效率。鸟嘌呤优先选...

降低CRISPR脱靶效应，你可以做什么？CRISPR技术是一种简单而强大的编辑基因组的工具。它使研究人员能够轻松地改变DNA序列并修改基因功能。它的许多潜在应用包括纠正遗传缺陷，zhiliao和预防疾病的传播，以及改善农作物。在流行的用法中，CRISPR是CRISPR-Cas9的简写。CRISPRs是“有规律地间隔的短回文重复序列”的缩写。它是DNA的一个特殊区域，有两个明显的特征：存在核苷酸重复和间隔物。核苷酸的重复序列分布在整个CRISPR区域。间隔物是穿插在这些重复序列中的DNa pian段。可以与靶基因之外的其他基因作用而非特异性阻断基因表达,即产生非靶基因的沉默效应。浙江基因编辑技术...

采用基因编辑技术制备的细胞产品。对于采用基因编辑技术制备的基因修饰细胞产品，应进行体外在靶和脱靶活性评估，以确认修饰酶或向导RNA对靶基因序列的特异性。在评估基因编辑的脱靶风险时，应说明所选择的评价策略的合理性和敏感性。虽然采用计算机分析预测基因编辑的潜在脱靶位点，并对潜在脱靶位点进行深度测序分析，可用于评估基因编辑的脱靶风险；但选择的评价策略仍应包含体外全基因组测序比对，以证明潜在脱靶位点未出现脱靶。此外，在评估脱靶活性时，还应评估种属特异性的差异、细胞病理生理状态的差异或细胞类型的差异对非临床数据预测性的影响。必要时，还应分析基因编辑对细胞表型和生理功能的潜在影响。脱靶检测在揭示CRISP...

长期表达。与其他产品相比，部分基因zhiliao产品的明显特征是可以在患者靶细胞或基因修饰细胞中持续存在并编码表达作用因子（功能性蛋白或基因表达调节元件），并通过长久或长期改变靶细胞或组织的功能来达到zhiliao效果。同时，由于基因zhiliao编码的作用因子在体内的长期暴露或表达异常，可能产生与其功能相关的长期安全性风险，如细胞生长失控和恶性liu形成、自身免疫反应或其他无法预测的迟发性不良反应。潜伏再jihuo。部分病毒类基因zhiliao产品可能存在从潜伏期被再jihuo的可能性或者引起机体中已有病毒ganran的再jihuo，存在ganran相关的迟发性不良反应的风险。脱靶检测企业，...

由于设计的sgRNA会与非靶点DNA序列错配，引入非预期的基因突变，即脱靶效应(Off-targeteffects)。脱靶效应造成了研究中的许多不确定性，这无疑限制了该技术的应用。因此，研究者希望能开发有效的方法来检测脱靶效应。在目前主流的脱靶效应评估方法中，有一种方法为GUIDE-seq，其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸（dsODN）标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂，然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序，通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应，从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路；与其他的评估方法相比，GUIDE-seq更...

细胞经基因修饰后会改变其生物学特性，同时也会带来新的安全性风险，如基因编辑脱靶风险、载体插入突变风险、载体重组风险、表达的转基因产物的风险等。在制定非临床研究计划时，除参考《细胞zhilliao产品研究与评价技术指导原则》（试行）中的对细胞zhilliao产品的一般要求外，还应具体问题具体分析，基于产品特点和目前已有的科学认知，结合拟定适应症、患者人群、给药途径和给yaofang案等方面的考虑，科学合理的设计和实施非临床研究，充分表征产品的药理学、毒理学和药代动力学特征。在进行获益风险评估时，还应重点关注由非临床向临床过渡时非临床研究的局限性和风险预测的不确定性。可以与靶基因之外的其他基因作用...

CIRCLE-seq原理。细胞内检测方法由于提纯的基因组已经消化去除了组蛋白，结构较细胞内的染色质更为松散，理论上容易找到更多的脱靶位点。为捕获CRISPR在细胞内工作时真实发生的脱靶切割，研究者们也设计了一些细胞内的脱靶位点检测方法。1) Guide-seqCRISPR造成DNA双链断裂后，由于DNA修复机制的存在，断裂处很快就会重新连接，这时候提纯基因组DNA很难保留CRISPR造成的DNA断裂位点。所以为了记录细胞内真实的CRISPR脱靶切割，研究者们设计了Guide-seq[10]，利用NHEJ的DNA修复机制，将一段双链短核苷酸序列（dsODN）连接到CRISPR造成的DNA双链断裂...

基于已有科学经验和既往非临床/临床研究结果，如果认为基因修饰细胞所采用的载体系统可将外源基因整合到细胞基因组中并可在体内长期存续，需综合分析以上风险因素，评估潜在的插入突变、致瘤/致性风险。非临床研究，应采用具有代表性的基因转导细胞进行基因整合位点分析，分析细胞的克隆组成以及在关注基因（如liu相关调控基因）附近有无优先整合迹象，含有关注整合位点的细胞有无优先异常增殖。对于嵌合抗原受体（Chimericantigenreceptor，CAR）或T细胞受体（Tcellreceptor，TCR）修饰的免疫细胞，应尽可能采用多种方法评估其靶点相关毒性和脱靶毒性风险。种子脱靶检测，推荐唯可生物，实验实...

近几年，细胞和基因zhiliao（cell & gene therapy，CGT）领域发展迅猛，在多个方向取得了重大突破，以anti-CD19和BCMA为代的多种CAR-T免疫细胞疗法攻克了一部分血液瘤，多种AAV疗法也给一些难以成药的罕见病提供了有效的zhiliao方案。另一方面，基于CRISPR基因编辑技术的众多基因疗法也进展迅速，较早体外基因编辑疗法较快今年年底能够上市（CRISPR Therapeutics CTX001），体内基因编辑疗法取得了不错的临床数据（Intellia Therapeutics NTLA-2001），使用CRISPR技术制造的通用型CAR-T疗法也是免疫细胞疗...

先导编辑器：CBE和ABE组合使用可以有效地进行4种碱基转换（C→T, G→A, A→G, T→C），而无需产生DSB，然而除了这4种碱基转换，对另外8种碱基转换（C→A, C→G, G→C, G→T, A→C, A→T, T→A, T→G）以及碱基的插入和缺失，依然缺乏有效的研究工具。先导编辑器（Prime Editor, PE），PE在不依赖DSB和供体DNA的条件下便可有效实现所有12种碱基转换，此外还能有效实现多碱基的精细插入（较多可插入44bp）和删除（较多删除80bp）。> 抗CRISPR蛋白。抗CRISPR（Acr）蛋白是天然的CRISPR/Cas系统抑制剂，由各种可移动遗传元件...

长期表达。与其他产品相比，部分基因zhiliao产品的明显特征是可以在患者靶细胞或基因修饰细胞中持续存在并编码表达作用因子（功能性蛋白或基因表达调节元件），并通过长久或长期改变靶细胞或组织的功能来达到zhiliao效果。同时，由于基因zhiliao编码的作用因子在体内的长期暴露或表达异常，可能产生与其功能相关的长期安全性风险，如细胞生长失控和恶性liu形成、自身免疫反应或其他无法预测的迟发性不良反应。潜伏再jihuo。部分病毒类基因zhiliao产品可能存在从潜伏期被再jihuo的可能性或者引起机体中已有病毒ganran的再jihuo，存在ganran相关的迟发性不良反应的风险。针对各类脱靶检...