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温州烈冰生物空间转录组数据分析可视化

来源: 发布时间:2022年09月11日

空间转录组测序的关键就在于,解决了空间位置保留的问题。被放置在芯片区域内的冰冻组织切片在经过H&E染色和成像记录后,会被进行透化处理,释放细胞中的RNA。芯片上的捕获引物的中段设置了带有独特标识的条形码区域。芯片被划分为了数个不同的捕获区域,每个捕获区域中锚定的引物都带有不同的条形码序列。每个区域对应的组织位置会被记录下来,然后再进行测序后,通过条形码将不同区域的测序结果,映射到对应的组织位置上,拼贴形成组织样品的空间转录组图像。从样本处理到终端数据分析,只要您需要,烈冰提供全流程的无忧服务。温州烈冰生物空间转录组数据分析可视化

细胞在组织样本中的相对空间位置关系对于了解疾病病理学非常重要。但是scRNA-Seq在单细胞悬液制备的过程中破坏了细胞的空间结构,无法给出固态异质化组织中细胞空间排布信息。而空间转录组可以解决这个问题,通过记录组织切片细胞的空间信息,捕获组织切片中的组织学信息;通过免疫荧光进行蛋白组检测,将基因表达谱映射回组织样本中的原始位置,同时获得细胞/基因的空间表达特异性。该技术可以为神经科学,发育生物学,免疫生理学等领域的研究提供组织和基因表达情况的新视角。济南scRNA空间转录组测序价格助力探索生命时空多维度的动态变化的生物学信息;助力生命健康医疗大时代!

空间转录组测序在病理学中,通过添加基因表达维度,得出形态学结论,通过观察基因表达区域,了解可能发生假阴性/假阳性的位置; 在免疫学,研究免疫细胞浸润、不同区域的免疫细胞中的基因表达特征;免疫群体扩散、不同类型免疫细胞的空间位置解析; 在神经科学,研究大脑皮层层状组织解析,揭示大脑皮层的结构-功能关系,正常vs.疾病大脑结构特征分析与疾病相关的基因表达于特定的大脑皮层; 在发育生物学,通过解析每个发育阶段不同解剖区域特有的基因表达特征,解析组织中与形态形成相关基因;丰富基因表达的空间注释信息,创建组织发育的空间细胞图谱。

在发育过程或疾病发生过程中,组织内部的不同细胞经历了复杂的生物学过程,因此,组织内部的异质性研究是目前揭示重要生物学研究的一个重要研究手段。组织内部的异质性包括细胞类型的异质性和空间位置的异质性两个层面,细胞类型异质性可由单细胞测序来完美呈现,而空间位置的异质性,则需要可高通量地检测全转录组空间信息的新型研究方法来解决。烈冰生物真正实现空间转录组测序的全程把控,做到从实验设计、空间信息标记、建库测序、定制化分析的全流程一站式服务,助力高分文章发表。个性化制定测序项目方面,满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。

烈冰生物生信分析团队紧追国际前沿、整合添加多项国际期刊认可的空转分析工具,构建一套完整的数据分析流程;精心研发空转结果浏览器,可同步展示空间转录组与单细胞测序分析结果,详细深入地解析空间转录组数据。完成从Rawdata(原始数据)到Spot-Gene的具有定位信息的表达矩阵的过程后,就进入了空转的第二步,去进行Spot的Cluster的过程,熟悉单细胞测序的研究者知道,Cluster在单细胞测序中往往表示为细胞的类型,也就是说能聚在一起采用算法分为一个群体细胞是一个Celltype(当然分情况也会有不同)。而在空转中,也正是由于前面提到了细胞的非单一性,导致了这里的分群并不是单纯的同一细胞类型,而应该认为是具有相同细胞组成的点阵区域,或者说是近似的组织结构区域。烈冰斥巨资引进Novaseq6000,开启更大通量测序新纪元。上海烈冰生物空间转录组数据分析

深度的空间转录组测序数据解读助力生物健康医疗时代。温州烈冰生物空间转录组数据分析可视化

烈冰提供空间转录组全流程服务,包括样本包埋、贴片、选片、HE染色、拍照成像、组织透化、建库测序以及后续的FISH验证等各个步骤,为您提供无忧服务。烈冰搭建了以莱卡CM1950冷冻切片机、尼康多荧光通路全自动扫描显微镜、3Dhistech-midi数字扫描仪为基础的先进实验平台,并制定严格规范的实验室SOP,经过大量的切片、贴片实操演练,对不同类型组织的切片厚度、温度进行优化,确保获得更好质量的冷冻切片。利用NovelBrain云分析平台,搭建0代码需求的空间转录组分析流程,准确快速解析空间转录组数据。取同一样本组织的相邻区域进行单细胞转录组测序,通过单细胞转录组数据和空间转录组数据的整合分析,判定空间区域内的细胞类别,精确解析组织空间内的异质化信息。温州烈冰生物空间转录组数据分析可视化

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