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青岛烈冰科技单细胞多组学平台

来源: 发布时间:2022年09月09日

单细胞测序实验再样本细胞上机分选签,需要对细胞数量、细胞活性进行准确判断,这对SingleCell分选标记、建库、下机数据的质量都具有着决定性的作用。如若细胞计数偏高,将会影响建库的成功率;计数偏低,则会显著提高双细胞的比例;而细胞活率过低,就会使测序数据的利用率大打折扣,因此把好单细胞悬液质量这一关尤为重要。而在铺板过程中,由于不同操作人员手法具有不可避免的差异,不同的液体流速将直接影响单细胞的入孔效果。因此烈冰生物BDRhapsody单细胞分选平台配套了专门定制的电动移液器,其具有PrimeTreat、CellLoad、BeadLoad、Wash、Lysis、Retrieval多种操作模式,来对应各种不同的操作。通过已经设定的程序来控制液体的流速,大幅度降低人为操作习惯带来的差异,保证实验操作的一致性。首先 出现的单细胞多组学方法就是将转录组与其他组学技术结合。青岛烈冰科技单细胞多组学平台

单细胞转录组测序是在单细胞水平上高通量测序分析基因表达谱的技术,突破传统高通量测序的局限性,组织解离后,单个样本一次上机能捕获500-20000个细胞,基于每个细胞分别建库测序,获得单个细胞的基因结构和基因表达状态,并鉴定细胞的类型,可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较,反映细胞间的异质性。而2021年横空出世的10XGenomicsChromiumX平台实现了单块chip上的百万级别通量的细胞捕获,系统实现16个通道同时运行,每个通道可捕获2000-20000个细胞(不混样),并支持原ChromiumController体统外的多种细胞捕获百万级别通量实验,可准确鉴别稀有细胞类型和适配大规模单细胞研究。杭州烈冰科技单细胞多组学测序单细胞技术从 2009 年发展到现在,研究范围不再局限于转录组,扩展到了基因组、免疫组、蛋白组等多组学水平。

单细胞测序技术(SingleCellSequencing)从一种新兴的研究角度,借助已有的高通量测序手段,帮助研究者在疾病样本的异质性、样本微环境、发育学、免疫学以及其他领域中进行单细胞层面的数据解析,解决了BulkPopulationSequencing所无法解决的问题。这样一个新的研究领域必然也需要足够可靠的实验手段来支撑。BDRhapsody单细胞分选系统为此提供了完善的硬件设备,保证了从单细胞悬液质量评估到单细胞分选标记过程中每一个实验步骤的完善质控。NovelBio单细胞实验团队借助BDRhapsody单细胞分选系统,在实验实施层面对单细胞测序结果的可靠性提供了强有力的保证。继单细胞悬液制备之后,又在另一道关键关卡提供了可靠的支持,帮助研究者在单细胞测序领域收获更多的成果。

烈冰科技作为国内同时拥有10XGenomics和BDRhapsody双分选平台的测序服务商及云计算服务供应商,经过多年实战,拥有丰富的单细胞悬液制备和分选经验,实测BDRhapsody对能够高效捕获粒细胞。针对不同的分选平台、建库方法,实战总结搭建出不同的数据预处理工作流程;烈冰科技NovelBrain®生物大数据平台能有效支撑生命科学研究、医疗健康等领域对大数据分析的需求。完备的高通量测序实验平台,包括NovaSeq6000、10XChromiumX、BDFACSMelody、PANNORAMIC数字切片扫描仪等,配合一支来自海内外名校、多学科交叉型的高素质综合团队,为您的科学研究保驾护航。单细胞转录组技术在多个研究领域都发挥了重要的推进作用,揭示了组织中微量的细胞类型和基因表达特征。

空间转录组测序与单细胞测序的结果不同,这里存在一个概念叫做NumberofSpotsundertissue,即,空间转录组片子上组织覆盖的有效的spot位点。这个有效Spot的筛选标准是有UMI以及有序列表达。那么这个时候,贴片的质量就成为了制约空间转录组有效区域的要点了。如果组织没有很好地覆盖到空转片上,那么容易出现虽然有HE染色有组织片子,但是没有基因表达,即无有效Spot位点。同样的,另一个就是组织切片的大小,也就是说组织切片在整个玻片的覆盖面积越小,分析的有效区域就越少。这两者基本上决定了整个空间转录组分析结果的基础质量。单细胞多组学技术(single-cell multimodal omics) 是指在同一细胞中同时测量多种组学数据的前沿技术。烈冰科技单细胞多组学数据分析

单细胞多组学对不同组学技术产生的数据进行整合分析有助于更刻画细胞内的基因调控状态、揭示调控机制。青岛烈冰科技单细胞多组学平台

如在现有研究方法基础上,进行特定亚细胞区域的蛋白质组学、相互作用蛋白质组学以及某种特定翻译后修饰类型的蛋白质组学的研究等。这将有助于诸多生化过程以及致病机理的全新认识与发现。随着基于单细胞蛋白质组学质谱研究方法的不断发展,单细胞分析方法的灵敏度、蛋白质的覆盖度、细胞通量、空间分辨率以及多组学的兼容能力会不断突破我们的认知极限。更重要的是,单细胞分析在临床诊断、疾病分型以及细胞发展机制这些重大生命科学领域方面的应用将会越来越大。青岛烈冰科技单细胞多组学平台

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