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杭州上海烈冰生物空间转录组平台

来源: 发布时间:2022年09月05日

单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居2018年Science 杂志评选的科学突破。常规单细胞转录组测序技术丢失了细胞在原组织中至关重要的空间位置信息,而单细胞空间转录组技术在进行单细胞转录组测序的同时保留并记录了细胞的空间位置信息。空间转录组技术能够揭示细胞间的相互作用以及细胞所处的微环境,将成为发育生物学、神经生物学、免疫生物学等领域的研究利器。ATCG碱基的排列组合构成了测序的庞大世界。杭州上海烈冰生物空间转录组平台

高通量测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志。高通量测序技术是对传统测序一次颠覆性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(nextgenerationsequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deepsequencing)。而烈冰科技具有专业生物背景和十二年科研服务经验,已助力Nature,immunity等在内的300+篇CNS文章发表。温州上海烈冰生物空间转录组数据分析空间转录组测序数据分析,认准烈冰NovelBrain生物信息数据分析平台。

烈冰生物真正实现空间转录组测序的全程把控,做到从实验设计、空间信息标记、建库测序、定制化分析的全流程一站式服务,助力高分文章发表;专业实验团队保证样本的高度一致性;专业的生物学团队提供个性化的产品应用场景解读、保持对生物学意义的关注;强大的生信分析团队一对一地进行详实科学的实验方案设计并提供多次售后分析;可接受样品类别为冰冻组织:新鲜样本经液氮预冷的异戊烷速冻,-80℃保存OCT包埋组织:新鲜组织异戊烷速冻后进行OCT包埋,或新鲜组织直接OCT包埋后-80℃速冻,注意标明样本方向,样本于-80℃保存样本处理和运输过程需要在低温环境

空间转录组测序的数据质量和玻片有效区域的利用率、贴片的质量和透化时间息息相关。贴片质量不良会影响总的有效spot数等;而透化不合理会导致spot的reads数、基因中位数等参数。而在特异性基因表达方面,我们也可以统计空间转录组群体的特异性基因表达即Markergene,将他们在组织切片以及空转上进行着色。我们也可以对于任意一个已知的基因或者数据库中的一些细胞Marker,然后将其在基因表达在空间转录组的切片以及HE染色上展示自己的基因表达进而了解,群体中的可能的细胞组成关系。空间转录组可展示组织切片中不同区域的基因表达情况,揭示精细病理区域的信号通路。

基于桥式PCR技术的簇生成可以将模版链迅速扩增成千上万倍,保证过程中足够的测序深度。测序时使用特殊标记的dNTP:1)碱基上通过敏感键修饰上不同的荧光基团,用于区分ATCG;2)3端使用叠氮基团封闭,保证一次循环只上一个dNTP。每一轮循环结束时,会通过高速荧光显微镜记录荧光图像,再通入试剂除去荧光基团和叠氮基团,开启下一循环。通过分析读取同一位点的荧光,实时获取模版链的碱基序列。由于过程中使用的化学反应并不可控,随着循环数的增大会出现不同步的情况,因此Illumina的读长只能限制在200bp左右。烈冰测序服务已助力300余篇国际主流期刊研究文章发表。济南上海烈冰生物空间转录组服务机构

烈冰一站式多平台测序服务:立足科学研究,解码生命本质。杭州上海烈冰生物空间转录组平台

空间组测序技术,作为现阶段单细胞技术的重要补充技术进入了组学的实验领域以及生物信息学的分析领域。通过单细胞测序(单细胞表达尺度)+空间转录组测序(空间表达尺度)+数字病理(临床诊断尺度)联合分析可在空间和时间上描述不断演变的组织生态系统,多角度深入分析组织的形态特征、基因组学特征、表观遗传调控因子以及样本中的免疫微环境。不同于单细胞测序分析的需求-分析-需求-分析的模式,空间转录组分析实际上是非常需要研究者和企业之间的互动的,尤其是对于组织切片的理解,一个在线互相交流空间转录组测序结果的系统也是空转分析中不可或缺的一环,也是重中之重。杭州上海烈冰生物空间转录组平台

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