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广州单细胞免疫组库测序公司

来源: 发布时间:2022年06月03日

空间转录组测序的数据质量和玻片有效区域的利用率、贴片的质量和透化时间息息相关。贴片质量不良会影响总的有效spot数等;而透化不合理会导致spot的reads数、基因中位数等参数。而 在特异性基因表达方面,我们也可以统计空间转录组群体的特异性基因表达即Markergene,将他们在组织切片以及空转上进行着色。我们也可以对于任意一个已知的基因或者数据库中的一些细胞Marker,然后将其在基因表达在空间转录组的切片以及HE染色上展示自己的基因表达进而了解,群体中的可能的细胞组成关系。 烈冰一站式多平台测序服务:立足科学研究,解码生命本质。广州单细胞免疫组库测序公司

不同类型的细胞或者在不同的条件下,活细胞中染色质的结构是在不断变化的,比如说各种应激反应(stimulus response)和抗逆反应(stress response)等,也就是说染色质的可及性是会随细胞类型和外界刺激的改变而发生变化,而染色质开放区域的定向测序可以帮助我们了解细胞的转录调控过程,确定开放染色质的位置、转录因子的调控差异、核小体的调控区域和染色质状态等信息,确定哪些基因在细胞中具有转录活性。单细胞多组学测序是一种比较强大的表观遗传学研究工具,在开放染色质图谱绘制,细胞分化发育,疾病的致病机制,样本微环境等方面具有极大的应用前景。成都BD VDJ测序多重荧光免疫组化个性化制定测序项目方面,满足从检测基因到蛋白的多组学测序要求。

基于10X Next GEM技术,单细胞免疫组库测序一次实验可以同时检测近万个细胞,可在一个样本中同时获5'端mRNA表达谱、TCR和BCR的信息,结合基因的表达谱和V(D)J数据进行复杂组织样本的是影响免疫应答分析,监测免疫疗法的效果,研究疾病发生、发展的分子机制。 烈冰平台 1/ 1000+ TCR/BCR项目经验,一次实验可同时获取1000-10000个细胞的文库构建,获得转录组和免疫组数据。 2/ 具备完善的免疫组库测序和实验质控流程,获取V(D)J全长序列的配对信息 3/ 丰富的免疫组库测序和数据分析经验,实现专属个性化数据分析服务,搭配单细胞分析云平台,一键导出交互性的动态结果报告。

单细胞转录组测序是在单细胞水平上高通量测序分析基因表达谱的技术,突破传统高通量测序的局限性,组织解离后,单个样本一次上机能捕获500-20000个细胞, 基于每个细胞分别建库测序,获得单个细胞的基因结构和基因表达状态,并鉴定细胞的类型,可以在不同样本间从细胞类型的组成和丰度角度进行比较,反映细胞间的异质性。而2021年横空出世的10X Genomics Chromium X平台实现了单块chip上的百万级别通量的细胞捕获,系统实现16个通道同时运行,每个通道可捕获2000-20000个细胞(不混样),并支持原Chromium Controller体统外的多种细胞捕获百万级别通量实验,可准确鉴别稀有细胞类型和适配大规模单细胞研究。单细胞测序是高通量测序下的又一重大技术突破。

冰冻切片的空间转录组测序在RNA捕获、文库构建方面,需要将组织切片贴合在带有mRNA结合捕获探针的载玻片上,通过甲醛固定、H&E染色得到组织切片的形态结构。再进行透化处理,使细胞中的mRNA释放,并结合到芯片相邻的捕获探针上。将捕获的mRNA反转录合成cDNA并构建测序文库进行上机测序,从而获取基因表达信息。总体来说,空间转录组的实验流程包括:组织冻存-OCT包埋-冷冻切片-固定染色-组织透化-cDNA合成及建库-上机测序,而需要客户进行样本准备的步骤相对简单:组织冻存与OCT包埋。单细胞测序技术提供了单个细胞水平下的科学研究视角。武汉BD单细胞测序

全线搭建BD Rhapsody单细胞测序平台。广州单细胞免疫组库测序公司

针对单细胞测序的细胞数量判断环节:主要是对细胞数量、基因表达量、测序质量进行整体描述。过滤标准:由于细胞破碎后游离RNA会释放到环境或孔中,并且测序中也会存在一些死细胞,导致数据存在background值。因此,我们需要设定一定的标准来过滤掉假细胞或死细胞。以10× Genomics为例,细胞数量判断主要通过分析UMI Counts-Barcode曲线斜率拐点,当存在多个斜率拐点的时候,结合预期UMI=500时的细胞数量进行过滤。当斜率拐点低于UMI=500的时候,选择UMI=500作为细胞的判断的标准;否则,选择和预期细胞数量非常接近的拐点作为细胞判断的位置。这样我们能够有效获得真实的并且在基因数量上可以分析的数据。广州单细胞免疫组库测序公司

上海烈冰生物医药科技有限公司是一家生物科技、医药科技、信息科技、计算机科技领域内的技术开发、技术服务、技术转让、技术咨询,市场营销策划,市场信息咨询与调查(不得从事社会调查、社会调研、民意调查、民意测验),从事货物及技术的进出口业务,计算机、软件及耗材(除专控),软件开发【依法须经批准的项目,经相关部门批准后方可开展经营活动】的公司,致力于发展为创新务实、诚实可信的企业。烈冰生物拥有一支经验丰富、技术创新的专业研发团队,以高度的专注和执着为客户提供单细胞测序,生物大数据云分析平台,空间转录组测序,单细胞多组学测序。烈冰生物不断开拓创新,追求出色,以技术为先导,以产品为平台,以应用为重点,以服务为保证,不断为客户创造更高价值,提供更优服务。烈冰生物创始人陈岱,始终关注客户,创新科技,竭诚为客户提供良好的服务。

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