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黑龙江欧易生物空间转录组领域

来源: 发布时间:2021年11月22日

空间转录组技术作为当今前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。由上海欧易生物医学科技有限公司(以下简称“欧易生物”)主办的“空间转录组学培训班”落下帷幕。培训中,欧易讲师团队以其丰富的项目经验及专业的生信能力,从空间转录组学的发展历程、测序原理、实验实操及数据挖掘等多维度,向远道而来的学员们展开了系统性的培训。


对于 EDA 以外的任务,用户仍然经常需要学习新的语法,转换对象类型,空间转录组学仍然面临许多挑战。黑龙江欧易生物空间转录组领域

欧易生物高级技术支持陈老师首先给大家介绍了空间转录组学的发展历程、测序流程及原理。紧接着,欧易生物技术支持姚老师针对目前空间转录组学发表的一系列高分文章进行了方案设计的解析。姜老师给大家详细介绍了空间转录组项目样本准备、切片、贴片等实验过程及注意事项,并带领大家到实验室实地观摩了整个实验过程,并就其中细节进行了讲解。董老师针对空间转录组10x Space Ranger的分析原理及结果进行了详细解析,并介绍了使用Seurat包进行数据挖掘的标准分析流程。贵州空间转录组多少钱空间转录组可以进行细胞间通讯分析,区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。

如果只是通过空间转录组或者单细胞转录组,研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群,无法解释两个样本预后之间的差异。但是通过空间转录组,就能很清晰看到两个样本之间的差异。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化,发现对于每个发育阶段的不同解剖区域,都有独特的基因表达特征。结合单细胞转录组测序技术,作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。

许多当前时代空间转录组技术的基础都是在自七十年代以来的几十年间建立的。例如,于1976 年首先使用紫外线激光来切割组织。当前流行的技术,例如空间转录组学(ST)和 10X Visium 依靠这种微阵列技术,区别就在于是从放置在微阵列载玻片上的组织上而不是从溶液中来捕获转录本信息。当前时代的空间转录组技术大致分为五类方向:激光显微切割(LCM),单分子荧光原位杂交(smFISH),靶向原位测序(ISS),原位阵列捕获和 其他非成像技术。空间转录组技术重点为特殊的载玻片。

转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取,目前已有多种技术策略被开发报道, 如空间转录组技术(Spatial Transcriptomics,ST)和 Visium 技术,通过将包含空间位置信息的条形码、UMI 标签、poly-dT 的探针固定在商用微阵列载玻片上,来捕获包含 poly(A) 尾巴的转录本,并获取全转录组水平的基因表达及位置信息。一些无需成像即可计算重建空间基因表达模式所需信息的技术也被开发了出来,其中之一就是是 DNA 显微技术,它记录 cDNA 之间的接近度,该信息可用于重建转录本之间的相对位置。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化。河南10x空间转录组

该类工具的开发将简化不同类型空间转录组学数据的整合和分析。黑龙江欧易生物空间转录组领域

1. 空间转录组实验步骤A。切片制备和优化:取新鲜组织、冷冻、切片,并进行HE染色成像,优化确定切片是否覆盖靶向区域。空间转录组实验步骤B。切片固定和透化:将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上,并进行固定和透化,使细胞中的 mRNA 得到释放,并结合到相应的捕获探针上,从而获取基因表达信息。空间转录组实验步骤c。逆转和文库构建:以捕获的 RNA 为模板,进行 cDNA 合成,和测序文库制备。空间转录组实验步骤d。高通量上机测序:对制备好的测序文库,进行二代高通量短读长测序。空间转录组实验步骤e。数据可视化分析:结合HE结果,确定哪些基因有表达,表达量高低,以及这些基因的空间位置信息。黑龙江欧易生物空间转录组领域

上海欧易生物医学科技有限公司是一家服务型类企业,积极探索行业发展,努力实现产品创新。公司致力于为客户提供安全、质量有保证的良好产品及服务,是一家私营合伙企业企业。公司始终坚持客户需求优先的原则,致力于提供高质量的科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询。欧易生物顺应时代发展和市场需求,通过高端技术,力图保证高规格高质量的科研服务,科研检测,学术研究,技术咨询。