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来源: 发布时间:2023年02月02日

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通过传统的酵母双杂交系统,以PtDAL1为诱饵,筛选样本来源于不同年龄段的油松cDNA文库。将获得的阳性克隆,10个一组,挑选到1个96孔板的PCR板孔中,获得10*96个阳性克隆的96孔板。以其中阳性克隆mix为模板,进行PCR扩增,并将所有的PCR产物进行纯化。使用纯化后的PCR产物,进行打断后构建二代测序文库,通过NGS测序,获得6G的阳性克隆数据。通过分析二代测序数据,获得阳性克隆基因信息(去冗余后获得135个互作子,包含21个TFs,2个TRs及酶类、热激蛋白、RNA结合等蛋白,部分见表1)。挑选重要的候选基因进行一对一验证(图2)。与拟南芥中同源基因AGL6的蛋白互作网络进行比对分析。对DAL1互作蛋白(DIPs)的基因表达谱、启动子中的顺势作用元件功能进行分析,并对DIPs进行GO注释(图3)。综合生信分析结果,构建针叶树老化途径的调控模型(图4)。专业化的筛库流程,多重质检保证质量。初筛+复筛提高目标阳性克隆质粒精确度。

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酵母双杂交文库:为研究松树生长时相转变和生殖发育的奥秘,本研究收集了油松 7 个年龄段的叶片进行了转录组测序。加权基因共表达网络分析(WGCNA)鉴定到一个与年龄***相关的基因模块(图 A)。按照表达模式,可以分为 2 个子模块:随年龄增长而表达上升的基因子模块、随年龄增长而表达降低的基因子模块(图 B-D)。这些基因在 5-7 年营养生长至生殖生长过渡期发生了一个明显的表达模式转变,表明在生殖发育启动阶段存在一个相对剧烈的时相转变过程。浙江酵母文库做什么

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