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来源: 发布时间:2023年01月19日

通过传统的酵母双杂交系统,以PtDAL1为诱饵,筛选样本来源于不同年龄段的油松cDNA文库。将获得的阳性克隆,10个一组,挑选到1个96孔板的PCR板孔中,获得10*96个阳性克隆的96孔板。以其中阳性克隆mix为模板,进行PCR扩增,并将所有的PCR产物进行纯化。使用纯化后的PCR产物,进行打断后构建二代测序文库,通过NGS测序,获得6G的阳性克隆数据。通过分析二代测序数据,获得阳性克隆基因信息(去冗余后获得135个互作子,包含21个TFs,2个TRs及酶类、热激蛋白、RNA结合等蛋白,部分见表1)。挑选重要的候选基因进行一对一验证(图2)。与拟南芥中同源基因AGL6的蛋白互作网络进行比对分析。对DAL1互作蛋白(DIPs)的基因表达谱、启动子中的顺势作用元件功能进行分析,并对DIPs进行GO注释(图3)。综合生信分析结果,构建针叶树老化途径的调控模型(图4)。欧易生物酵母文库拥有GAL4系统、泛素系统,单杂、双杂等多种酵母杂交筛选方法。上海宣传酵母文库报价

酵母双杂交(Y2H):植物转录因子(Plant transcripter factors, TFs)是调控植物生长发育和环境适应性的关键分子。虽然在一些数据库中,如RiceSRTFDB (Priya and Jain, 2013), Ricettissuetfdb (Chen et al.,PlnTFDB (Pérez-Rodríguez et al., 2009)和PlantTFDB (Jin et al., 2017),可以预测水稻转录因子功能。但通过具体实验研究,来直接证实转录因子对植物的调控作用仍然是必不可少的。酵母双杂交(Y2H)和酵母单杂交(Y1H)是被用于研究蛋白-蛋白以及蛋白-DNA互作的**常用技术。为了方便和促进水稻育种研究,陈凡老师与欧易生物达成合作,整合双方优势资源,历经春秋与冬夏,成功构建了基于粳稻(日本晴)基因组的水稻转录因子文库。该项成果以“一种高效的筛选系统来鉴定大米转录因子的蛋白质-蛋白质或蛋白质-DNA相互作用伙伴”为题,发表于杂志JGG上。江西实力酵母文库酵母单杂筛库酵母文库筛选酵母双杂交筛库步骤。

酵母单杂交测试:为验证该文库在Y2H和Y1H体系中的有效性,作者以OsMADS1为诱饵筛选水稻转录因子文库,进行了酵母双杂交测试。以Ghd7的启动子片段为诱饵,进行了酵母单杂交测试。结果显示我们的水稻转录因子文库可以有效且高通量的检测蛋白-水稻TF、DNA-水稻TF间的相互作用。另外,该研究中指出,使用该文库筛选鉴定蛋白-TF互作,采用mating法较为方便,即Y2HGold-Bait诱饵菌液与Y187-TF文库菌液一对一杂交。而筛选鉴定DNA-TF互作,采用Y1HGold系统,即Y1HGold-pomoter筛选TF文库质粒更简单高效。此外,可通过降低筛选压力处理,进行弱相互作用的检测。

酵母文库实验本研究鉴定了一个可以与MdMYB9相互作用的蛋白MdTRB1。实验表明,MdTRB1可以正向调节花青素和原花青素的累积。MdTRB1与MdMYB9结合可以增强后者对下游基因的转录***活性。而MdTRB1与MdJAZ1的结合,可以干扰其与MdMYB9的互作,进而负向调控MdTRB1介导的对花青素和原花青素积累的促进作用。本研究表明,JAZ1-TRB1-MYB9复合物可以动态调控JA介导的花青素和原花青素的积累。本研究为进一步研究JA对花青素和原花青素生物合成的调节提供了新见解。欧易生物是国内较早提供酵母杂交技术服务的生物公司,较早掌握Gateway和Smart两种建库方法。

进行了酵母双杂交筛选实验,结果显示 MdMPK3 可以与 MdWRKY17 相互作用(图 C),并且通过 BiFC、Co-IP 得以证实(图 D-E)。MdMPK3 的激酶活性水平在炭疽菌***后也***上升(图 B)。进一步的 BiFC 和 Co-IP 表明,MdMEK4 可以与 MdMPK3 相互作用(图 F-G)。体外激酶试验表明,MdWRKY17 能够被MdMEK4- MdMPK3 级联磷酸化(图 H)。综上,MdMEK4-MdMPK3 级联磷酸化 MdWRKY17。与对照相比,MdWRKY17过表达植株中水杨酸含量降低,而RNAiMdWRKY17植株中水杨酸含量升高(图A)。从该技术开发以来,双杂交和三杂交报告基因数量从1个报告基因增加到了4个,降低了假阳性概率。福建生物技术酵母文库报价

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酵母双杂交还可以这么用?Y2H-seq 揭示不老松年龄。***小欧又给大家带来了一篇酵母双杂交结合高通量测序技术的应用文章。北京林业大学钮世辉老师团队,在传统的酵母双杂交技术流程基础上,巧妙的结合了NGS技术,优化建立了Y2H-seq技术,**缩短了常规的筛库后测序验证周期,节约了实验成本。文章中应用Y2H-seq技术,对不老松年龄密码进行了有趣的研究,其中所用酵母双杂交文库由欧易生物协助完成。众所周知,酵母双杂交技术是研究蛋白相互作用的利器。目前已知的蛋白质相互作用至少有一半是通过酵母双杂交技术发现的。但是做过酵母杂交实验的小伙伴也都知道蛋白筛选较容易,但是筛选后,想知道获得的阳性克隆都对应的是啥基因,所花费的人力物力相当不小。有困难解决困难,勇敢牛牛不怕困难。上海宣传酵母文库报价

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