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黑龙江生物技术空间转录组

来源: 发布时间:2021年12月08日

早期空间转录组学的另一条发展路线是基因捕获和增强子捕获筛选,开发于二十世纪八十年代,当时 DNA 测序通量正在增加,动物基因组是新开放的前沿领域。果蝇和小鼠的筛选是在八十年代后期进行的,目的是观察未靶向且通常未知的基因表达情况。随着通量的增加,增强子和基因捕获技术在九十年代成为空间转录组学的技术,直到 WMISH 在九十年代后期兴起。WMISH 技术的自动化程度较高,避免了对转基因品系的依赖,同时由于在二十一世纪初获得物种的参考基因组信息变得越来越便利,探针设计因此也更为方便。10X Genomics 继单细胞测序后也推出了空间转录组测序技术。黑龙江生物技术空间转录组

1. 10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm,包含5000个被条形码标记的点(barcoded spots),每个点的直径为55 μm,点和点之间中心的距离为100 μm,并且每个点都有一个barcode序列。10X Visium空间转录组的实验主要分为两部分:组织学板块和组学板块。组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像,记录切片的形态学信息;组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序,记录切片的转录本信息和空间位置信息 。运用空间转录组多少钱作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化。

10xVisium空间转录组技术原理为将新鲜冷冻的组织切片,置于文库制备载玻片上,经过固定、染色和透化后,释放出mRNA,mRNA与空间条形码捕获探针相结合,从而捕获基因表达信息。然后将捕获的mRNA合成cDNA并制备测序文库进行测序,并对数据进行可视化分析。空间转录组技术作为当今**前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。

广义上来说,目前一共有4种解析“空间性转录组”的策略:2.第一种是利用计算机算法,根据单细胞转录组数据来模拟重构组织的空间形态。例如Seurat,这是一个在单细胞数据分析中***用到的R包,我们可以利用scRNA-seq数据,加上对markegene进行原位测序的结果来重构组织的空间信息。3.第二种,激光显微切割+二代测序(LCM+NGS)。这种技术对仪器和实验人员的操作要求较高,而且获取的通量也比较低,如果组织非常珍贵或者研究的内容十分精细,可以考虑这个。但是这种策略比较难被官方干运用。4.第三种策略,就是基于高分辨图像的原位测序。**经典的是smFISH当然,这种方法的通量比较低。当然随着技术的发现,刚发布的FISH-seq技术通过多轮杂交的方式,已经把测序通量提高到了10000+个转录本。5.***就是“基于空间条形码(spatialbarcodes)的空间转录组技术。本文主要讨论的也就是这种技术。后面主要讨论的都是基于这种策略。 正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点得到蓬勃发展。

空间转录组数据分析的重要是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类,然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上,同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后,首先利用Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和Barcode处理。另外一个软件Loupe Cell Browser是一个适用于Windows和MacOS的桌面应用程序,它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。研究通过对 ALS 小鼠疾病进程(症状前、发病、症状期和终末期)的脊髓组织进行空间转录组测序。发展空间转录组多少钱

研究的***主要集中于人类和小鼠的大脑,而其他***(例如肝脏)的空间转录组学研究相对滞后。黑龙江生物技术空间转录组

Visium空间转录组能够做何种组织类型以及推荐切片厚度是什么?10X Genomics测试过很多组织类型,绝大多数都可以用于空间转录组的分析。下图是他们官网上测试过的组织类型的列表,测试过的组织都可以运用在空间转录组的分析上面。但建议用户用基因表达玻片做正式实验前,务必用组织优化的玻片测试一下,看组织能否用于空间转录组的实验,同时也找到比较好的组织通透时间。切片厚度基本上以10µm为主,但也有少量组织例外。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。黑龙江生物技术空间转录组

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