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贵州欧易生物空间转录组规格

来源: 发布时间:2021年12月06日

美国脑计划启动的 BICCN 项目,该项目将整合不同类型细胞的分子、解剖学和生理学特性,创建小鼠脑细胞 3D 参考图谱,同时也将基于人类和非人类灵长类脑组织样本,绘制脑细胞参考图谱 ,其涉及空间转录组学技术主要包括 MERFISH 和 seqFISH。一些实现空间转录组学的重要技术,可以追溯到二十世纪七十年代,长期以来,各种形式的原位杂交技术(ISH)已用于可视化空间中的基因表达。从技术原理中不难看出,空间转录组技术重要为特殊的载玻片。作者通过对三个人类脑皮层组织的空间转录组测序,可评估不同脑皮层区域中基因表达特征和细胞类型定位情况。贵州欧易生物空间转录组规格

10x Genomics空间转录组技术的准确性高吗?下图是一个将10x Genomics空间转录组技术应用于小鼠海马体研究的案例。A图为脑组织切片的HE染色结果,从10x Genomics空间转录组分析结果中,可以清晰看到Tmsb4x(B图)和Selenow(C图)在海马体区域高表达,和已知的研究结果一致性较高。开展10x Genomics空间转录组需要做哪些准备?空间转录组是一项十分前沿的技术,涉及到很多细节方面的准备工作,例如组织类型的选择、前期预实验的设计、病理区域的确认等一系列内容。而且实验中存在很多不确定性因素,处理不慎容易导致整个项目失败。北京发展空间转录组10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。

基于原位测序的空间转录组技术。基于原位测序(ISS)的方法通过测序产生空间转录组信息,这种方法只依靠连接酶连接两段DNA—一段已知序列的引物和一个探针与模板匹配,不匹配的探针就会被洗掉。2013年开发的ISS中,每个探针使用一个查询碱基来测序基因条形码。FISSEQ和后来的EXeq使用了SOLiD,每个探针使用两个查询碱基来测序环化和RCA扩增的cDNAs。在STARmap中,基因条形码由SEDAL测序,其中还使用了两个类似固体的查询碱基来避免错误。BARseq还用基因条形码放大了RCA探针。基于ISS技术的优势包括:单细胞分辨率、亚细胞转录物定位和可应用于更大的组织区域。缺点是:检测效率较低。

空间转录组数据分析的重要是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类,然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上,同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后,首先利用Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和Barcode处理。另外一个软件Loupe Cell Browser是一个适用于Windows和MacOS的桌面应用程序,它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。早期空间转录组学的另一条发展路线是基因捕获和增强子捕获筛选。

10xVisium空间转录组技术原理为将新鲜冷冻的组织切片,置于文库制备载玻片上,经过固定、染色和透化后,释放出mRNA,mRNA与空间条形码捕获探针相结合,从而捕获基因表达信息。然后将捕获的mRNA合成cDNA并制备测序文库进行测序,并对数据进行可视化分析。空间转录组技术作为当今**前沿的科研技术,相信很多老师都希望将其运用于自己的课题中,快速发表高分文章。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。空间转录组样本的组织切片的细胞中会释放出mRNA,迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列。福建空间转录组应用

10x  Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域,每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm。贵州欧易生物空间转录组规格

第二,数据库的建立。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长,但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。第三,研究物种及组织的多样化。在当前时代,除 LCM 之外,研究的***主要集中于人类和小鼠的大脑,而其他***(例如肝脏)的空间转录组学研究相对滞后。对除人类和小鼠以外的其他生物以及除大脑以外的其他***的技术现代化,将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。第四,集成度高、交互性强、易扩展、文档信息完善的开源工作流程的开发。该类工具的开发将简化不同类型空间转录组学数据的整合和分析。贵州欧易生物空间转录组规格

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