空间转录组数据分析的重要是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类，然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上，同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后，首先利用Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和Barcode处理。另外一个软件Loupe Cell Browser是一个适用于Windows和MacOS的桌面应用程序，它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。空间转录组样本的组织切片的细胞中会释放出mRNA，迁移到每个spot的mRNA会被标记上相应的barcode序列。实力空间转录组规格
广义上来说，目前一共有4种解析“空间性转录组”的策略：2.第一种是利用计算机算法，根据单细胞转录组数据来模拟重构组织的空间形态。例如Seurat，这是一个在单细胞数据分析中***用到的R包，我们可以利用scRNA-seq数据，加上对markegene进行原位测序的结果来重构组织的空间信息。3.第二种，激光显微切割+二代测序（LCM+NGS）。这种技术对仪器和实验人员的操作要求较高，而且获取的通量也比较低，如果组织非常珍贵或者研究的内容十分精细，可以考虑这个。但是这种策略比较难被官方干运用。4.第三种策略，就是基于高分辨图像的原位测序。**经典的是smFISH当然，这种方法的通量比较低。当然随着技术的发现，刚发布的FISH-seq技术通过多轮杂交的方式，已经把测序通量提高到了10000+个转录本。5.***就是“基于空间条形码（spatialbarcodes）的空间转录组技术。本文主要讨论的也就是这种技术。后面主要讨论的都是基于这种策略。 湖北欧易生物空间转录组是什么空间转录组是一项前沿技术，涉及到很多细节方面的准备工作。
空间转录组学(ST)是一种方法，允许在组织样本中可视化和定量分析转录组与空间分辨率。通过在载玻片上排列含有位置条形码的寡核苷酸的组织切片，该方法声称可以生成具有精确位置信息的高质量的RNA-seq cDNA文库。条形码芯片有1007个带有独特条形码序列的引物位点。每个位置都有一个直径100µm(对应于一个组织域)中心到中心的距离是200µm。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，在空间转录组样本处理、实验和数据挖掘上的成功经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。
单细胞转录组测序技术的如火如荼，伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展，可以看到，在现有的高通量检测技术领域，这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展，到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展，相信在接下来的时间里，单细胞转录组和空间转录组将为生命科学的发展做出极其重要的贡献。单细胞转录组测序技术的特点在于提供详实的每个细胞的转录表达信息，但是缺失了来源组织的空间组成信息。现有商用空间转录组测序技术的特点在于提供了完整的组织空间位置信息，但是每个捕获spot的信息无法达到单细胞分辨率（10个左右细胞）。因此，这两个技术的存在是天然互补的，而将两者的结合也是水到渠成，完美结合。通过培训系统掌握空间转录组测序原理和方案设计思路，助力科学研究。
转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取，目前已有多种技术策略被开发报道， 如空间转录组技术（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技术，通过将包含空间位置信息的条形码、UMI 标签、poly-dT 的探针固定在商用微阵列载玻片上，来捕获包含 poly(A) 尾巴的转录本，并获取全转录组水平的基因表达及位置信息。一些无需成像即可计算重建空间基因表达模式所需信息的技术也被开发了出来，其中之一就是是 DNA 显微技术，它记录 cDNA 之间的接近度，该信息可用于重建转录本之间的相对位置。对于 EDA 以外的任务，用户仍然经常需要学习新的语法，转换对象类型，空间转录组学仍然面临许多挑战。广西空间转录组做什么
空间转录组学技术主要包括 MERFISH 和 seqFISH。实力空间转录组规格
和单细胞转录组一样，空间转录组也可以进行细胞间通讯分析，区别在于空间位置信息可以同时用于识别潜在的细胞间相互作用。通常通过了解配体受体（LR）对并测试 LR 对是否更有可能在邻近细胞或 spot 中表达来完成。还有很多其他类型的分析可用于空间转录组学数据，包括基因模式的识别，空间区域的转录组定义， 基因间的相互作用推断，转录本的亚细胞定位以及基于H＆E图像的基因表达估算等。1. 欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验，致力通过质量的服务，助力各位科研工作者取得新的突破。实力空间转录组规格
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