一些实现空间转录组学的重要技术，**早可以追溯到二十世纪七十年代，长期以来，各种形式的原位杂交技术（ISH）已用于可视化空间中的基因表达。从技术原理中不难看出，空间转录组技术**为特殊的载玻片。ISS 方法通常通过基于连接（SBL）或者基于合成（SBS） 的原位测序， 确定靶向基因序列或非靶向的 cDNA 短片段，**终获得空间转录组信息。根据测序链接策略的不同（SOLiD，cPAL和SEDAL），基于 SBL 的原位测序技术方法的代表性技术分别为 FISSEQ，ISS，STARmap。空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失。山东实力空间转录组
许多当前时代空间转录组技术的基础都是在自七十年代以来的几十年间建立的。例如，于1976 年首先使用紫外线激光来切割组织。当前流行的技术，例如空间转录组学（ST）和 10X Visium 依靠这种微阵列技术，区别就在于是从放置在微阵列载玻片上的组织上而不是从溶液中来捕获转录本信息。当前时代的空间转录组技术大致分为五类方向：激光显微切割（LCM），单分子荧光原位杂交（smFISH），靶向原位测序（ISS），原位阵列捕获和 其他非成像技术。山西欧易生物空间转录组是什么空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类：机械和光学。
1. 空间转录组实验步骤A。切片制备和优化：取新鲜组织、冷冻、切片，并进行HE染色成像，优化确定切片是否覆盖靶向区域。空间转录组实验步骤B。切片固定和透化：将组织切片放置在含有与RNA结合捕获探针的载玻片上，并进行固定和透化，使细胞中的 mRNA 得到释放，并结合到相应的捕获探针上，从而获取基因表达信息。空间转录组实验步骤c。逆转和文库构建：以捕获的 RNA 为模板，进行 cDNA 合成，和测序文库制备。空间转录组实验步骤d。高通量上机测序：对制备好的测序文库，进行二代高通量短读长测序。空间转录组实验步骤e。数据可视化分析：结合HE结果，确定哪些基因有表达，表达量高低，以及这些基因的空间位置信息。
1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。空间转录组的组学板块包括cDNA的合成、扩增、接头连接和测序，记录切片的转录本信息和空间位置信息 。
如果只是通过空间转录组或者单细胞转录组，研究人员在两个样本中均可以发现淋巴细胞相关基因或者淋巴细胞群，无法解释两个样本预后之间的差异。但是通过空间转录组，就能很清晰看到两个样本之间的差异。作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化，发现对于每个发育阶段的不同解剖区域，都有独特的基因表达特征。结合单细胞转录组测序技术，作者进一步确定和丰富了胚胎心脏基因表达的空间注释信息。 10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。吉林空间转录组报价
空间转录组组织学板块包括样品的包埋、切片、固定、染色及成像，记录切片的形态学信息。山东实力空间转录组
广义上来说，目前一共有4种解析“空间性转录组”的策略：2.第一种是利用计算机算法，根据单细胞转录组数据来模拟重构组织的空间形态。例如Seurat，这是一个在单细胞数据分析中***用到的R包，我们可以利用scRNA-seq数据，加上对markegene进行原位测序的结果来重构组织的空间信息。3.第二种，激光显微切割+二代测序（LCM+NGS）。这种技术对仪器和实验人员的操作要求较高，而且获取的通量也比较低，如果组织非常珍贵或者研究的内容十分精细，可以考虑这个。但是这种策略比较难被官方干运用。4.第三种策略，就是基于高分辨图像的原位测序。**经典的是smFISH当然，这种方法的通量比较低。当然随着技术的发现，刚发布的FISH-seq技术通过多轮杂交的方式，已经把测序通量提高到了10000+个转录本。5.***就是“基于空间条形码（spatialbarcodes）的空间转录组技术。本文主要讨论的也就是这种技术。后面主要讨论的都是基于这种策略。 山东实力空间转录组
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