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湖北空间转录组价格

来源: 发布时间:2021年12月01日

本文利用空间转录组学研究了在AD小鼠模型中,淀粉样斑块周围直径为100mm的组织域中发生的转录变化。发现了富含髓鞘和少突胶质细胞基因(OLIGs)的基因共表达网络的早期改变,而斑块诱导的基因(PIGs)的多细胞基因共表达网络涉及补体系统、氧化应激、溶酶体和炎症,在疾病的后期非常突出。此外作者通过对小鼠和人脑切片进行原位测序(ISS),证实了大多数观察到的细胞水平的变化。空间转录组学分析为探究AD和其他脑部疾病致病特征附近失调的细胞网络提供了可能。空间转录组这对于发育生物学等众多领域的研究都具有重要的意义。湖北空间转录组价格

空间转录组数据分析的重要是根据每个芯片上每个spot的基因表达信息进行聚类,然后将spot根据坐标位置序列放回到组织的图像上,同时可以对每个gene在组织上表达的空间位置进行定位。获得测序数据后,首先利用Space Ranger 软件可以自动化的对图像进行处理、数据比对和Barcode处理。另外一个软件Loupe Cell Browser是一个适用于Windows和MacOS的桌面应用程序,它可以快速、轻松地可视化和分析10X Visium数据。欧易生物具有上百例空间转录组项目执行经验,致力通过质量的服务,助力各位科研工作者取得新的突破。北京空间转录组做什么如何通过“HE染色”判断空间转录组项目样本是否为“好的样本”呢?

空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术,与bulk RNA-seq或单细胞转录组测序相比,空间转录组避免了组织中细胞位置信息的丢失,使得我们在检测基因表达的同时获得基因在组织内部的空间位置信息。正是由于空间转录组可以从多维度解析生物学过程的特点,近年来关于空间转录组无论是在技术开发,还是大规模应用或商业化,都得到蓬勃发展。例如2019年4月,Science发文通过空间转录组揭示ALS(肌萎缩侧索硬化症,又称渐冻症)分子病理的时空动态;2019年8月,Nature在线发表了景乃禾团队解析小鼠早期胚胎细胞的时空表达数据;2020年9月,Cell上发表了一篇利用空间转录组解析人鳞状细胞*的文章;2021年1月,Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq;2021年4月,10x Genomics公司宣布了新一代FFPE空间转录组商业化解决方案。

单细胞转录组测序技术的如火如荼,伴随着空间转录组测序技术的蓬勃发展,可以看到,在现有的高通量检测技术领域,这两种技术已为科学研究的发展提供了前所未有的技术支撑。从2019年单细胞多组学被评为《Nature Methods》年度技术进展,到2020年空间转录组技术也被评为年度技术进展,相信在接下来的时间里,单细胞转录组和空间转录组将为生命科学的发展做出极其重要的贡献。单细胞转录组测序技术的特点在于提供详实的每个细胞的转录表达信息,但是缺失了来源组织的空间组成信息。现有商用空间转录组测序技术的特点在于提供了完整的组织空间位置信息,但是每个捕获spot的信息无法达到单细胞分辨率(10个左右细胞)。因此,这两个技术的存在是天然互补的,而将两者的结合也是水到渠成,完美结合。空间转录组学技术主要包括 MERFISH 和 seqFISH。

10x Genomics 公司提供的 Visium 空间基因表达解决方案是目前***一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案巧妙的将单细胞测序技术原理和组织切片染色结合在一起,从而研究空间分辨率下整个转录组 mRNA 的表达情况,同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类:机械和光学。前者包括 Tomo-seq 等,通过沿感兴趣轴,利用冷冻切片机进行组织切片,然后在每个切片上均进行 RNA 测序。10x 提供的载玻片分为两种:用于摸索组织比较好透化时间的组织优化玻片和用于正式实验的基因表达玻片。空间转录组数据分析软件开发语言统计情况。青海空间转录组做什么

作者借助空间转录组测序技术探究人类心脏在发育过程中的基因表达特征和细胞图谱变化。湖北空间转录组价格

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