空间转录组的一般流程。将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘，带有相同身份条形码（barcode）的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。作者通过对三个人类脑皮层组织的空间转录组测序，可评估不同脑皮层区域中基因表达特征和细胞类型定位情况。重庆空间转录组多少钱
空间转录组研究的的必要性。研究单细胞我们想要探究细胞间的异质性，但是常规的单细胞是将细胞解离成单细胞悬液，然后利用单细胞分离技术（微孔，微板，液滴）等方法实现单细胞建库，这里比较大的问题是是细胞失去了原本在组织的空间信息。然而这个空间信息在实际研究中有很重要。特别是在研究细胞命运机制及细胞谱系发生空间位置的信息显得尤为重要，因此发展空间转录组技术实现细胞的位置信息的保留，对研究此类细胞状态尤为必要。吉林空间转录组有什么用空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术。
广义上来说，目前一共有4种解析“空间性转录组”的策略：2.第一种是利用计算机算法，根据单细胞转录组数据来模拟重构组织的空间形态。例如Seurat，这是一个在单细胞数据分析中***用到的R包，我们可以利用scRNA-seq数据，加上对markegene进行原位测序的结果来重构组织的空间信息。3.第二种，激光显微切割+二代测序（LCM+NGS）。这种技术对仪器和实验人员的操作要求较高，而且获取的通量也比较低，如果组织非常珍贵或者研究的内容十分精细，可以考虑这个。但是这种策略比较难被官方干运用。4.第三种策略，就是基于高分辨图像的原位测序。**经典的是smFISH当然，这种方法的通量比较低。当然随着技术的发现，刚发布的FISH-seq技术通过多轮杂交的方式，已经把测序通量提高到了10000+个转录本。5.***就是“基于空间条形码（spatialbarcodes）的空间转录组技术。本文主要讨论的也就是这种技术。后面主要讨论的都是基于这种策略。
欧易生物高级技术支持陈老师首先给大家介绍了空间转录组学的发展历程、测序流程及原理。紧接着，欧易生物技术支持姚老师针对目前空间转录组学发表的一系列高分文章进行了方案设计的解析。姜老师给大家详细介绍了空间转录组项目样本准备、切片、贴片等实验过程及注意事项，并带领大家到实验室实地观摩了整个实验过程，并就其中细节进行了讲解。董老师针对空间转录组10x Space Ranger的分析原理及结果进行了详细解析，并介绍了使用Seurat包进行数据挖掘的标准分析流程。许多当前时代空间转录组技术的基础都是在自七十年代以来的几十年间建立的。
1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，空间转录组使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。Science发表了将组织扩展和原位RNA测序结合起来的新型空间转录组技术ExSeq。重庆空间转录组多少钱
转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取， 如空间转录组技术。重庆空间转录组多少钱
基于原位测序的空间转录组技术。基于原位测序（ISS）的方法通过测序产生空间转录组信息，这种方法只依靠连接酶连接两段DNA—一段已知序列的引物和一个探针与模板匹配，不匹配的探针就会被洗掉。2013年开发的ISS中，每个探针使用一个查询碱基来测序基因条形码。FISSEQ和后来的EXeq使用了SOLiD，每个探针使用两个查询碱基来测序环化和RCA扩增的cDNAs。在STARmap中，基因条形码由SEDAL测序，其中还使用了两个类似固体的查询碱基来避免错误。BARseq还用基因条形码放大了RCA探针。基于ISS技术的优势包括：单细胞分辨率、亚细胞转录物定位和可应用于更大的组织区域。缺点是：检测效率较低。重庆空间转录组多少钱
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