空间转录组的应用有哪些？一、发现疾病的空间异质性：同时了解患病组织中的细胞类型及其定位有助于解决空间分辨的转录组学问题。在不同的环境下，明智地选择这些方法在生物学研究中也是至关重要的，例如在神经科学中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法适用于小样本（例如临床样本）以及整个转录组或基因组分析。二、构建空间转录组图谱：借助于空间分辨的单细胞转录组学，建立图谱可能是在分子水平上研究生物体结构的重要步骤。目前的多项研究通过单细胞转录组技术结合空间转录技术，得到多个***的时空转录组图谱（相关研究后续会在如下专辑更新）。从实验到分析一站式掌握空间转录组流程及原理。广西空间转录组规格
空间转录组的一般流程。将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘，带有相同身份条形码（barcode）的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。发展空间转录组有什么用空间转录组是在组织原位检测基因表达的一种技术。
基于原位测序的空间转录组技术。基于原位测序（ISS）的方法通过测序产生空间转录组信息，这种方法只依靠连接酶连接两段DNA—一段已知序列的引物和一个探针与模板匹配，不匹配的探针就会被洗掉。2013年开发的ISS中，每个探针使用一个查询碱基来测序基因条形码。FISSEQ和后来的EXeq使用了SOLiD，每个探针使用两个查询碱基来测序环化和RCA扩增的cDNAs。在STARmap中，基因条形码由SEDAL测序，其中还使用了两个类似固体的查询碱基来避免错误。BARseq还用基因条形码放大了RCA探针。基于ISS技术的优势包括：单细胞分辨率、亚细胞转录物定位和可应用于更大的组织区域。缺点是：检测效率较低。
转录本的空间位置信息可以通过在原位阵列上捕获的组织切片中的转录本来获取，目前已有多种技术策略被开发报道， 如空间转录组技术（Spatial Transcriptomics，ST）和 Visium 技术，通过将包含空间位置信息的条形码、UMI 标签、poly-dT 的探针固定在商用微阵列载玻片上，来捕获包含 poly(A) 尾巴的转录本，并获取全转录组水平的基因表达及位置信息。一些无需成像即可计算重建空间基因表达模式所需信息的技术也被开发了出来，其中之一就是是 DNA 显微技术，它记录 cDNA 之间的接近度，该信息可用于重建转录本之间的相对位置。空间转录组是一项前沿技术，涉及到很多细节方面的准备工作。
第二，数据库的建立。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长，但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。第三，研究物种及组织的多样化。在当前时代，除 LCM 之外，研究的***主要集中于人类和小鼠的大脑，而其他***（例如肝脏）的空间转录组学研究相对滞后。对除人类和小鼠以外的其他生物以及除大脑以外的其他***的技术现代化，将为开发有用的空间转录组学地图集提供广阔的前景。第四，集成度高、交互性强、易扩展、文档信息完善的开源工作流程的开发。该类工具的开发将简化不同类型空间转录组学数据的整合和分析。尽管当前空间转录组的数据在快速地增长，但尚未有对应的数据库来对这些数据进行汇总集成。北京欧易生物空间转录组多少钱
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1. 空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。空间条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着，使得在mRNA样品处理和后续测序过程中位置信息的编码和获取成为可能。单细胞RNA测序或组织样本RNA测序，均无法为研究人员提供精确的空间信息。通过空间转录组技术可获取组织中具体的位置的转录信息，为研究和诊断提供有效数据支撑。10x Genomics空间转录组技术可以应用于免疫、发育、神经和病理等研究方向。广西空间转录组规格
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