细胞在组织中的位置信息，对于理解疾病和**发生机制，是非常重要的。空间转录组技术是一项新的技术突破，它可以揭示组织中的基因活跃度，并同时展示出这些活跃信号的精确区域位置。2016年，各种空间转录组技术开始发布，此后已成功应用于发育生物学，**学，神经科学以及神经疾病领域。10xVisium空间转录组产品，在组织原位以超高分辨率研究基因表达特征和空间分布。此商业化产品，把空间位置信息和转录组分析结合，展示组织中不同位置的基因活跃信息，对于**、免疫、神经、发育等领域，有着令人期待的应用前景。作者：诺禾致源链接：源：简书著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。 10x Genomics空间转录组用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域，每个捕获区域的大小为6.5x6.5mm。河南空间转录组使用
10x Genomics 公司提供的 Visium 空间基因表达解决方案是目前***一个高通量空间转录组的商业化解决方案。该解决方案巧妙的将单细胞测序技术原理和组织切片染色结合在一起，从而研究空间分辨率下整个转录组 mRNA 的表达情况，同时在同一组织切片中获得组织学相关信息。空间转录组相关的显微解剖技术通常分为两类：机械和光学。前者包括 Tomo-seq 等，通过沿感兴趣轴，利用冷冻切片机进行组织切片，然后在每个切片上均进行 RNA 测序。10x 提供的载玻片分为两种：用于摸索组织比较好透化时间的组织优化玻片和用于正式实验的基因表达玻片。四川品质空间转录组空间转录组的条形码逆转录oligo(dT)引物在显微镜载玻片表面的有序附着。
空间转录组的一般流程2。这使得在后续步骤中覆盖细胞组织图像和基因表达数据成为可能。用我们的渗透试剂对组织进行渗透，这意味着在细胞膜上形成小孔。RNA分子可以通过这些通道离开细胞，并与芯片上相邻的捕获探针结合。因此，基因表达信息被捕获在芯片上。需要通过以下步骤将捕获的RNA分子中存储的信息转换为数据。cDNA合成是为了创造稳定的双链DNA分子。这是必要的，因为cdna - rna -杂交体的降解速度很快。此外，这是构建可测序文库之前的必要步骤。所有之前收集的信息都被汇集起来，可以在线访问。这意味着在实践中，您可以查看组织切片的图像并选择组织中的不同区域。然后你可以确定哪些基因在这些区域中以什么数量表达。因此，你可以在一个单一的实验中进行新分析。
空间转录组的一般流程。将准备好的新鲜冷冻组织切片放置于空间转录组芯片上。每个细胞中的RNA分子都包含着基因表达的信息。组织切片成像，以检索组织学信息。这样就可以看到一个细胞或一组细胞在组织中的位置。空间转录组芯片上含有上千个捕获的spot，这些捕获探针的 Poly-T 尾可以结合RNA分子的 Poly-A 尾。这些阵列的排列顺序就像一个棋盘，带有相同身份条形码（barcode）的探测位于同一个正方形中。这样就可以确定每个捕获探针及其结合RNA的来源。组织切片固定。该芯片包含一个与组织切片一起成像的视觉可检测框架。了解R语言基础语法及数据类型，了解空间转录组数据分析整体流程。
空间转录组的应用有哪些？一、发现疾病的空间异质性：同时了解患病组织中的细胞类型及其定位有助于解决空间分辨的转录组学问题。在不同的环境下，明智地选择这些方法在生物学研究中也是至关重要的，例如在神经科学中，基于FISH的方法很普遍；基于LCM的方法适用于小样本（例如临床样本）以及整个转录组或基因组分析。二、构建空间转录组图谱：借助于空间分辨的单细胞转录组学，建立图谱可能是在分子水平上研究生物体结构的重要步骤。目前的多项研究通过单细胞转录组技术结合空间转录技术，得到多个***的时空转录组图谱（相关研究后续会在如下专辑更新）。空间转录组是一种用于从空间层面上解析RNA-seq数据的技术，从而解析单个组织切片中的所有mRNA。实力空间转录组是什么
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由于细胞作为机体的基本单元，在特定的空间位置与微环境协同，发挥其特有的生物学功能，所以对于研究和理解细胞生物学、**生物学、发育生物学等学科的发生机制来说，空间位置信息尤为重要。显微成像（包括超分辨率和单分子成像）、多重荧光原位杂交等技术的发展加深了我们对细胞、组织结构和功能的理解；测序技术使得我们能够对未知的细胞或组织中基因的表达情况进行定量和定性分析。空间转录组可以结合显微成像和测序技术在获得基因表达数据的同时很大程度的保留样本的空间位置信息，使得研究人员能够发现更多有价值的东西。河南空间转录组使用
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